三系配套法令杂交稻产量大幅增加，从1974年至1983年，杂交稻种植面积由100余亩发展到1亿多亩。但问题接踵而来，1984年，中国大面积种植野败型杂交“稻籼优2号”，稻瘟病大流行。
稻瘟病导致大量杂交稻田颗粒无收，许多地方的杂交稻种子被封存，改种常规稻种。早期的杂交水稻，还有抗倒伏差和易患稻曲病等问题。
1980年冬，福建省农科院的谢华安培育出恢复系“明恢63”。次年培育出杂交水稻品种“汕优63”。这个品种由于抗瘟性强等特点迅速风靡，1986年首登全国杂交水稻播种面积排行榜首。
恢复系“明恢63”改变了中国早期杂交稻单一引用国际水稻所等境外品种做亲本的局面，对杂交稻更新换代起到里程碑作用。“明恢63”配成的各种组合，迄今累计推广面积超过20亿亩，成为应用最广、持续应用时间最长、效益最显著的恢复系。2007年，谢华安借此当选为中国科学院院士。
有人对比袁隆平“杂交水稻之父”的说法，将谢华安称为“杂交水稻之母”。被称为“杂交水稻之母”的另外一人是江西省农科院前院长颜龙安，他培育的以“珍汕97”不育系配组的杂交稻累计推广种植18亿亩。
由于三系育种的不稳定性，袁隆平在1986年提出杂交水稻的育种从三系到两系再到一系的方向发展。这年10月在长沙召开的第一次国际杂交水稻会议上，中国第一次向国际报道了湖北光敏感核不育水稻的研究和培育两系杂交水稻的设想。
湖北光敏感核不育水稻发现者是石明松，石是原湖北沔阳（今仙桃市）沙湖原种场技术员，发现时间早在1973年。
理论上，光敏不育系的水稻长日高温条件表现雄性不育，短日平温恢复雄性可育，简单地说就是夏天不育秋天可育，不再需要借助保持系来繁殖不育系，杂交稻可从三系进为两系。
石明松因这一发现被誉为“杂交水稻亚父”，从1982年开始负责由湖北农科院、武汉大学等单位参加的攻关研究，1986年列入国家“863”高技术研究计划。但研究进入关键时期的1988年，石明松因热水器漏电猝死于浴室。
此时，袁隆平团队的两系研究也取得了重大突破。1987年7月，李必湖的助手邓华凤在安江农校籼稻三系育种材料中，找到一株光敏不育水稻，随后在李指导下，育成第一个籼型水稻温敏核雄性不育系——安农S-1，这是世界上第一个通过技术鉴定水稻光温敏核不育系。
依靠“安农S-1”，1994年两系杂交水稻得以宣告成功。两系杂交水稻的研究成功，湖南省师范大学生命科学院的周广洽功不可没，现年83岁的周1976年开始同袁隆平的团队合作。
1999年，“安农S-1”在获得国家技术发明奖三等奖，被颁发证书分别是邓华凤、李必湖和周广洽，没袁。
此后不久，李必湖离开袁的研究团队，并且退出超级稻科研领域。对此业界多有传言。李去了安江农校担任党委书记，继续杂交稻科研，2005年退休，在沅陵酉水河畔试验水上水稻。近日笔者与李必湖联系，其已身患癌症，舌头切去3/4，无法交谈。
虽然两系水稻已经普及，但受制于气温要求，推广面积有限。[《农财宝典》授权中国种业商务网独家发布]
