关于转基因的战争尚无停止的迹象。在“挺转”和“反转”背后，一个不可忽视的现象是，转基因大豆、菜籽油、玉米大量进口，孟山都、杜邦、拜耳等企业在我国发展种子业务的同时，与国内的科研院所合作开展转基因育种研究。无论是支持还是反对转基因主粮商业化的专家共同担忧的一点是我国的种子产业安全和粮食安全。
在“担忧种子产业安全和粮食安全”的名义下，华中农业大学生命科学技术学院院长、中国科学院院士、植物遗传和分子生物学家张启发称，今年7月份，49位海外生物医药学者与国内61位两院院士几乎同时上书给习近平主席和李克强总理，呼吁推动转基因商业化，称“再延误就是误国”。而同样支持开展转基因科学研究但反对盲目快速商业化的中国农科院研究员佟屏亚则认为，这种做法“试图再次影响政府决策的走向”，怀疑其背后的功利目的。
再次上书
张启发称不方便透露61位院士和49位海外学者的名字，但告诉《中国经营报》记者，这些参与的学者大多为从事生物科学研究的人员。张启发表示，这是他参与的第二次“上书”，上一次还是2004年，当时张启发和他的团队正在申请研发的转基因水稻安全证书。
而这一次上书的“背景”颇为复杂。2009年，农业部向张启发和他的团队批准了两张转基因水稻安全证书。这两张证书将在2014年8月17日到期。“2009年5月，在11年的争取之后，我们研究的两种转基因水稻，华恢1号与Bt汕优63取得了国家颁发的安全证书，当时我比较乐观，现在4年过去了，这两张证书也将在明年失效，但转基因水稻商业化不是更近，而是更遥远了。”张启发对过期后是否继续申请并不乐观。
另一方面，张启发以及其他华中农业大学的转基因育种专家表示，2008年立项的转基因重大科技专项“最近几年经费支持变相减少。”张启发认为，转基因重大科技专项的目的就是推动转基因产业化，“我现在说不出具体经费减少的比例，但是有些项目因为各种原因搁置了，上面来检查的时候发现我们原来承诺的兑现不了，就卡钱。”
一直支持推广转基因的中国农科院研究员、曾任农业转基因生物安全委员会委员的黄大昉和中国农业大学[微博]食品科学与营养工程学院院长罗云波表示他们不清楚最近几年转基因科研经费是否有减少迹象，但“如果多年的科研没有什么产业应用，掌管项目经费的部门必然也不会愿意再花大钱来支持。”
中国农科院研究员佟屏亚认为，这些“上书”行为“试图影响政策走向”。最近两年，支持推动转基因产业化的科研人员，包括张启发、黄大昉在内，多次指责农业部“不作为”。
如果要进行商业化推广，那么获得批准安全证书后，还应有种子审定环节、最后才是商业化种植的许可。“我们获得安全证书的第二天就问农业部后续的程序要怎么走，他们当时和我们说会会同其他部门拿出一个审定办法和程序，但是到现在为止都没有一个说法。”张启发表示。
外国资本“潜伏”
尽管国内的转基因商业化尚未推行，但中国已经批准了转基因大豆、油菜、玉米等作为加工原料来进口，并且进口量年年攀升。
与此同时，外国种子企业在中国拓展种子市场的同时，也和中国的科研院所、企业开展了转基因育种研究。
新闻报道显示，早在2008年，中国农科院就与拜耳作物科学公司签署了科技合作谅解备忘录，加强在作物育种、生物安全等领域的合作。2010年，拜耳作物科学公司与中国农科院油料所签订了开发油菜新品种的协议，双方将采用分子育种技术或基因工程技术，利用与油含量和菌核病抗性相关的基因，来更好地保护油菜作物，进一步提高油菜作物的含油量。
孟山都从2002年至2012年，对北大-耶鲁植物分子遗传学和农业生物技术联合中心提供了大约175万美元的资助，该中心于2001年在北京大学成立，主要研究方向包括对模式植物的基础和应用研究，并将研究成果应用于作物改良。孟山都推出了“孟山都奖学金计划”和“孟山都人才交流计划”等项目，并为中心承办的相关科研会议和技术研讨会提供支持。
农科院的新闻报道显示，农科院先后与杜邦、拜耳、孟山都签署了各种形式的农业合作备忘录，并且开展了合作研究。不仅仅是中国农科院，根据佟屏亚的统计，2009年，孟山都、先锋、先正达、拜耳等在中国密集开展水稻研究合作，分别与华中农业大学、湖南大学、国家杂交水稻工程中心、安徽省农科院水稻所、中国水稻研究所达成合作协议。
跨国公司还争相在中国建设研发基地。 2008年10月，先正达公司在北京建立生物技术研发中心，成为首家外资农业生物技术研究机构。2012年10月，先正达公司与湖北省农业科学院联合组建先正达天然产物创新中心，在武汉成立光谷生物城高农生物园揭牌。先正达在中国设立了五家独资企业、一家合资企业、一家合作企业和数家办事处，主要从事蔬菜种子和大田种子业务，投资累计超过3亿美元。2009年，孟山都公司成立北京生物技术研究有限公司。
在佟屏亚看来，跨国公司设立的奖学金成为他们培养和抢夺人才的一个办法。据他统计，杜邦公司在国内重点大学设立“杜邦奖学金”，覆盖全国的十多所大学，包括清华大学、北京大学、中国农业大学等，每年投入10万美元，累计受资助大学生已达2 000多名。孟山都公司斥资1 000万美元在全球21个国家设置“孟山都奖学金项目”。2010年10月，通过中国农业部在中国农业科学院、中国农业大学、山东农业大学等启动“孟山都奖学金项目”，包括孟山都奖学金、孟山都助学金和孟山都最佳论文奖三大奖项，年度奖励金额人民币 30 000元，优先资助生命科学、环境科学与工程学院的大学生和研究生，特别强调学生立志从事农业生命科学与相关技术领域的研发或实业。
不过，在华中农业大学另一位转基因专家林拥军看来，科研“不应该太狭隘。如果我的学生能在这些大型企业找到一份好工业，也是很好的出路。”
而关于孟山都、拜耳、杜邦等企业频频拜访中国农业部、商务部官员的报道，也屡屡见诸于媒体，比如，2009年10月，孟山都副总裁伯格曼拜访中国农业部，与农业部牛盾副部长会谈；2011年9月20日，中国农业科学院翟虎渠院长与孟山都公司董事长、总裁兼首席执行官休·格兰特一行会见。而现任的中国农业部副部长、中国农科院院长李家洋曾为杜邦公司的顾问。
也许是在这种“外来危机”下，国内的转基因生物技术专家多次表示担忧我国的转基因技术如果迟迟不能商业化，中国的市场恐怕要被跨国企业占领。而种业专家也多次表示了中国种业发展的担忧。
多位转基因技术专家表示，1997年中国棉花虫害肆虐，当时跨国企业的抗虫棉花种子在中国市场卖得好， 我国及时批准了自己研发的转基因棉花的商业种植，从而把握住了国内的棉花种子市场。
