小麦叶、茎、根、穗均可受害，主要为害根茎部，引起不同程度的茎基腐或根腐。
1、根部：发病初期产生褐色或黑色病斑，后期根系腐烂造成死苗、死穗、死株。
2、茎部：在茎基部、叶鞘及叶鞘内侧呈现黑褐色条斑或梭形斑，严重时茎基变褐，坏死，基部折断，使植株倒伏或造成死株、死穗。
3、叶片：病斑有大小两种，初为菱形小褐斑，后扩大至椭圆形以及较长的不规则形。病斑可互相癒合成大块枯死斑。严重时，整个叶片迅速枯死。
4、穗部：穗部受害时，初在颖壳上形成褐色不规则病斑，穗轴和小穗梗变色，严重时小穗枯死，病穗籽粒秕瘦。
种子受害时，病粒胚尖呈黑色，重者全胚呈黑色，根腐病除发生在胚部以外，也可发生在胚乳的腹背或腹沟等部分。病斑梭形，边缘褐色，中央白色。此种种子叫“花斑粒”。
