棚室蔬菜种植往往选择土壤肥力和灌溉条件较好土壤，这种土壤进行大田种植一般不存在中微量元素缺乏问题，但棚室蔬菜氮、磷、钾三元素肥料施用量大，作物对中微量元素的需求量也随之上升，随着种植年限的增加，棚室蔬菜土壤中的一些中、微量元素缺乏问题日渐严重。
棚室蔬菜上最为常见的缺素现象是缺钙和缺硼。钙素的影响一般表现在蔬菜品质上，如番茄、辣椒等果菜类蔬菜的脐腐病，芹菜黑心病等。中量元素以硝酸钙的施用量较多，瓜菜类及果菜类一亩地50公斤左右，豆类或叶菜类20至30公斤。硼是当今世界农业生产上普遍缺乏而又应用最广的微量元素之一。防缺硼，宜施用水溶性好、含量高的八硼酸钠盐或八硼酸钾盐800～1000倍叶面喷施。茄果类蔬菜在苗后期、初花期共喷2～3次；根茎类蔬菜在苗后期至块根生长期喷两次；叶菜类蔬菜在苗后期至生长旺期喷施2～3次，用药间隔5～7天。
由于施用有机肥对土壤铁、锰、铜、锌有明显的补充作用，蔬菜对钼的需求量很小，因此补充量应适当，一般亩施硼砂1—2公斤；硫酸锌2—3公斤。豆类蔬菜底施钼酸铵1-2公斤。
一般情况下，蔬菜作物对镁的需求比较少，但对果菜类蔬菜较重要。缺镁土壤主要通过补施硫酸镁解决。硫酸镁的用量一般为一亩地20至30公斤。土壤缺硫可选用含硫化肥如硫酸钾等补充。
