猝倒病和立枯病是辣椒苗期的主要病害。辣椒猝倒病主要是由腐霉菌侵染所致，立枯病由立枯丝核菌侵染引起。
对辣椒苗期病害的防治：
一是合理选择苗床。选择地势高燥、排灌方便、土壤肥沃、透气性好的沙壤土地作育苗床，前茬最好不是蔬菜作物。苗床使用的粪肥，应是经过高温腐熟的无病菌肥料。
二是搞好种子消毒。用40%的甲醛100倍液浸种30分钟，冲洗后催芽播种，或者用种子用量的0.3%的25%瑞毒霉拌种，也可以用72.2%普力克水剂800倍液浸种半小时后催芽。
三是采用农业防治措施。与非蔬菜类的作物实行2-3年的轮作；采用高畦育苗避免积水，苗期控制浇水；加强放风降低湿度。
四是搞好药剂防治。苗床一旦发现病株立即喷药防治。可选用70%乙磷•锰锌可湿性粉剂500倍液，或用72.2%的普力克水剂600-700倍液等喷洒或灌根。发现发病中心要及时处理病叶、病株，并全面喷洒保护。7-10天防治一次，病情严重时5天一次，交替用药，连续防治3-4次。
影响发病的主要因素是土壤湿度、温度、光照及苗床管理水平。浇水过多或雨水多时病害发生严重；苗床土温稳定在20℃以上时，幼苗出土快，生长旺盛，抗病能力强，发病轻；苗期阴天多雨，光照不足，幼苗生长弱，抗病能力差，发病较重；苗期管理不当，如播种过早、过密，间苗不及时，苗床过于荫蔽，容易发病。
