向日葵菌核病是向日葵成株期的重要病害，受害的种子味苦，含油量和品质降低。成株茎的中、下部感病时产生褐色凹陷的溃疡斑，引起植株折断，髓内生有黑色菌核。花盘受害后期变褐腐烂，长出白色菌丝，后期形成黑色菌核，花盘腐烂严重时脱落掉地，瘦果腐烂失收。
该病由向日葵菌核病菌侵染致病，菌丝体发达，白色，密集后形成菌核。病菌以菌核在土壤内、病残体中以及混杂在种子之间和种皮内越冬，第二年春暖气温达10℃左右越冬的菌核萌发产生子囊盘和子囊孢子，随风、雨传播，侵染后引起发病。
防治方法：
1.合理轮作：应与禾本科作物进行5-6年轮作，避开前作土壤中越冬菌核的侵染。
2.播种无病种子：严格选种，除去病粒和菌核。
3.中耕灭菌：在田间菌核萌发形成子囊盘初期，进行中耕，破坏子囊盘形成。此期结合人工除草铲地，也有破坏子囊盘形成作用。
4.药剂防治：结盘初期每公顷用250克/升咪鲜胺乳油1.5升；或40%菌核净可湿性粉剂1.5千克；或50%腐霉利(速克灵)可湿性粉剂1.5千克 ；或50%异菌脲(扑海因)可湿性粉剂每公顷0.75-1.5千克，对水喷雾花盘，防治子囊孢子对花盘的侵害。喷药时，加入芸苔素内酯类植物生长调节剂，可促进病株尽快恢复生长，同时按每公顷药液量加入助剂可提高防治效果节省用药量。
