卵菌门中有几个非常有名的病害：腐霉属的瓜果腐霉引起的猝倒病、疫霉属的致病疫霉引起的晚疫病、霜霉属的霜霉病。
这些病原菌一般都为低等真菌，典型特征是发病后期产生灰白色菌丝，而且都是高湿病害。
一般防治霜霉病的药剂都能兼防晚疫病，如大家熟知的克露、杀毒矾。
早疫病则属半知菌亚门丝孢纲丝孢目链格孢属，致病菌名为茄链格孢。半知菌属高等真菌，而链格孢属下的很多致病菌引起的病害一般都为叶斑类病害，像大葱紫斑病、棉花轮纹斑病等，这类病害发病后期都在病部产生灰黑色霉状物。
另外早疫病和灰霉病同属丝孢目，所以防治灰霉病的药像异菌脲、腐霉利等也可以治疗早疫病；另外一般叶斑类的病害用***类的多，像苯醚甲环***、氟硅***等。