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不同植被条件下，土壤中有机碳的含量有很大变化。不同植被类型之间光合产物约分配模式相差较大，草原植被光合作用所同化的有机产物中的92％以上分布在地下，而森林植被光合产物分配到地下部分的比例则较低。不同植被下，有机质进人士壤的方式也有所不同，森林的枯枝落叶一般在地表就已分解，而草原土壤有机碳的主要来源于残根，因残根在土中较深，分解速率较小，导致草原土壤有机碳密度往往比森林土壤的要高。在土地面积测量仪，草原植被下土壤有机碳密度约为森林植被下的2倍。对于耕作土壤，由于作物秸秆在收获时被移出，有机物质损失较高，且对作物残体分解能力弱等原因，其有机碳密度较自然植被下的低。
植被的物种组成在某种程度上控制着土壤有机碳分解的速度。土壤有机碳主要来源于植被地上部分的调落物及其地下部分根的分泌物和细根周转产生的碎屑。这些碳化合物均具有各自的化学特性，从而导致其在土壤中分解速率各不相同。如土地面积测量仪植物碎屑的分解速度与其本质素和氮素的相对含量密切相关。木质素不仅自身难于分解，而且还对易分解的土壤有机碳具有屏蔽保护的作用，因而，随着碎屑中木质素的含量增加，其分解速率呈下降趋势。
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