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根系地下观测室法通过建立大型地下根系观测箱实现，透过玻璃可以观测到部分棉花根系的真实生长状况。根系分析系统方法的优点是可以在不破坏根系的情况下连续观测根系的生长情况，易于对根系进行形态学方面的研究。缺点是投入太大不易普及；根生长遇到玻璃后可能会发生形态和方向的改变，从而不再能观察到真实的生长状况。根钻法是棉花根系研究中常用的方法，利用人或机械的力量驱动根钻，从土壤中取出等体积含根的土柱。
该方法的优点是取样迅速，适用于大样本试验，并且对处理内其他植株的影响较小。缺点是对非均匀分布的根系研究时，由于取样点的误差会给整个试验结果带来较大的误差挖掘法在棉花根系研究中可分为整体挖掘法和双向切片法，前者即对含有根系的土壤整体挖掘，后者则是将土壤分割成一定体积的土块依次挖出，进而对棉花根系进行整体或部分的研究。
根系分析系统的优点是简单、易操作，缺点是工作量大，不能对根系进行连续观察。不同的灌溉方式使根系产生了多种变化，膜下滴灌小滴头流量下，棉花根系紧紧围绕滴管口附近，分布范围窄而深，根系结构紧凑；而大滴头流量下土壤含水量较高，棉花根系分布范围宽而浅，根系结构松散。
不同灌溉方式的棉花根系主侧根生长分布不同，在土壤中形成的二维平面几何图形也有较大差别，常规沟灌呈“垂直断面伞型”或“扇型”，膜下滴灌根系朝滴灌带和膜内侧密集，呈极不对称构型，膜下渗灌则呈“马尾型”。根系分区灌溉是常规灌溉思路的新突破，可实现棉花大田的节水灌溉，且分区交替灌溉的棉花根系干重显着高于分区固定灌溉。
根系分析系统 http://www.tpny17.com/
现代根系分析系统的应用 http://www.tpny17.com/service/detail_218.html
不同的灌溉方式使根系产生了多种变化