辣椒适应性广，多采用育苗移栽种植。近年南方冬种发展较快，如广东的湛江、茂名、海南、云南南部地区多采用秋季9月播种，冬末至早春采收。由于养分随采摘辣椒不断携出，需要边采收边供给养分，才能满足不断开花结果的需要。综合各类研究，每生产1000千克辣椒需要氮3.5千克，磷0.8千克，钾4.5千克，镁0.9千克。吸收养分最多的时期是在定植成活的头5周至10周，待第一批辣椒采收后又出现一个高峰。
辣椒苗期供氮不足，植株生长不良，叶淡黄色，因此辣椒生长的早期要注意氮肥施用，以铵态氮/硝态氮混合肥料最好。磷对根系生长和花芽分化发育有很大影响，缺磷时叶背多紫红色、分枝少，苗期施足磷肥，可促进发根和移栽后的成活，有利于植株生长和提高产量；花期供磷不足，则花芽发育迟缓或不发育，或形成不能结实的花，单质磷肥常用普钙和农家肥混匀后在移栽前施于畦中。在三要素中辣椒对钾的需求量最高，缺钾症状多表现在开花以后，辣椒老叶叶尖开始发黄、叶缘逐渐干枯，果实小，钾肥通常施用硫酸钾。结果期镁的吸收量增加，此时供镁不足会引起辣椒叶脉间失绿黄化。
针对辣椒上述营养需求特性，可选用恩泰克稳定性长效复合肥高钾配方，可减少配肥的麻烦，同时减少施肥次数。在移栽时基施50千克/亩于畦中，移栽后覆土盖膜；缓苗后每隔5周追施一次高氮配方的恩泰克20千克/亩，或每次采果后冲施速溶恩泰克5千克/亩，可满足辣椒的营养需求。2007～2008年恩泰克肥料经茂名、寿光等地示范表明，辣椒的增产幅度比习惯施肥高10%～25%，肥料用量减少15%，施肥次数减少3次。随着种植水平提高和辣椒产量逐年增加，在合理补充氮磷钾大量元素时，还应该注意补充一些中微量元素肥料。辣椒常出现的中微量元素症状有缺钙导致的果实的蒂腐病，可通过在苗期喷施康朴盖美膨进行预防或幼果期喷施康朴液钙防治；缺硼导致的叶色发黄、心叶生长慢、根系木质部变黑腐烂和花期延迟等，可在移栽时施用硼砂或苗期叶面喷施康朴液硼2～3次。为促进早期辣椒根系生长，缩短移栽苗的缓苗期，可用凯普克蘸根（或喷淋）的办法在移栽前处理辣椒苗，移栽后每隔两周叶片喷施一次，共两次，可显著改善辣椒生长，为高产奠定基础。
