外资进入中国种业对于种业安全乃至粮食安全构成威胁已经是老生常谈，毕竟有压力才有动力，中国本土种子企业可以奋起直追。然而，本土种子企业在育种方面正遭遇套牌泛滥、科研院所定位不清影响创新热情以及中小企业创新受遏制等一系列困局。如果不能切实破除困局、提升育种能力、培育出本土的优势种子，实际被外资控制的合资种子将横行中国市场，种业安全乃至粮食安全受到的挑战不容忽视。
作为农业的上游环节，种业的发展直接关乎粮食安全，政策从国家安全的角度出发对于外资进入进行了一定的限制。目前，外资进入中国种子行业，多通过合资的方式，中资企业拥有超过50%的股份，在形式上占据控股权。但在实际运作中，外资公司控制了品种研发、亲本资源和营销体系等核心环节，实际控制合资公司的依然是外资企业。
实际由外资控制的合资种子在中国正大行其道。据有关专家统计，进入中国的外资种子企业数量至少有70家。以杜邦先锋在中国的合资公司生产的“先玉335”为例，从2005年开始在中国市场投放至今，其种植面积已经占据全国玉米种植总面积的10%，在一些省份的种植面积甚至超过50%。大豆产业已经付出惨重代价，不能让玉米步大豆后尘。
要改变种业危局，必须培育本土的优势种子。农业部部长韩长赋在2011年11月份举行的现代种业发展座谈会上明确表示，要强化能力建设，创新种业科研体制机制，做大做强我国骨干种子企业。
政府主管部门提出了很多目标和任务，就当前形势看，最迫切最现实的问题是：中国何时能培育出本土的“先玉335”等？要实现这一培育出本土优势种子的目标，则必须破除目前在育种环节面临的重重困难。
首先，严厉打击套牌侵权，否则创新的动力会受到严重抑制。以“吉祥1号”为例，育种人万廷文历经十多年时间辛勤选育的这一玉米杂交新品种正遭遇全国范围的私繁滥制。品种权人之一的黄文龙称，已经向农业部递交了举报信，但至今仍未获得回应。据报道，按2009年制种面积测算，2010年“吉祥1号”在全国种植面积应有3000多万亩，仅次于“郑单958”。
其次，科研院所定位不清，压制企业创新热情。国内玉米竞争不过外国，一个很重要的原因是中国种子的新技术、新产品主要由科研机构研发推广，而美国却是由孟山都、杜邦这样的公司进行市场化运作。无论是产品自身的优劣还是商业化推广，国内科研机构都不占优势。数据显示，国内过去80%以上的新品种由政府支持的农业科研机构研制。这种做法在削弱创新激励的同时打压了企业自主研发的动力。韩长赋也表示，发展现代种业的难点在于推动科研单位与商业化育种分离，使科研单位专心开展基础性、公益性研究；商业化育种要逐步交给种子企业。
再次，主管部门把政策扶持的重点放在了规模较大的优势种子企业，并将加大对这类企业的研发投入，中小企业的创新行为却未获同等扶持，这并不利于创新能力的充分发挥和种业的健康发展。根据新版《农作物种子生产经营许可管理办法》，申请杂交玉米和杂交水稻的生产和经营许可证要求注册资本均为3000万元，申请“育繁推”一体的许可证要求注册资本为1亿元。这一要求把一些可能会成长起来的创新型中小企业阻挡在种业门外。以目前业内做得比较好的登海种业(002041)为例，公司的前身莱州市登海种业有限公司在1998年7月设立之时，其注册资本仅有1027.7万元。
这些问题对于本土育种的压制使得合资种子一直在市场竞争中处于上风，如果得不到解决，就培育不出超越合资种子的本土优势种子，本土种子企业甚至会依赖于合资公司带来的丰厚利润，懒于创新或做出阻碍新品种面世的行为，粮食安全的根基也将动摇。
