农作物种子是农业生产中不可替代的重要生产资料，它的优劣直接关系到农产品的质量、产量和农业综合效益。2012年全县农作物品种结构要紧紧围绕县委、县政府确定的任务目标，以科学发展观统揽农业和农村经济发展全局。按照“优化品种，区域布局，科学管理，规模发展”的思路，不断优化品种结构，推广优良品种，降低生产成本，提高产出效益。
一、粮食作物：扩大粮粮带田种植面积，小麦品种以金春系列为主，即金春1号（78-11）、金春4号（611），酒86141、宁春18(2014)，重点加大高蛋白小麦品种金春5号（214-5）的推广面积；玉米品种以郑单958、沈单16、承单20、酒试20为主体品种，搭配种植金玉518、金玉2000、金玉16等新品种。
二、棉花品种：根据近几年棉花品种试验和引进推广示范结果，依据全县棉花种植的区域特点和品种来源，分金塔、鼎新两个区域分别确定品种结构：金塔片以新陆早42号、硕丰2号为主体品种，搭配种植酒棉8号、伊陆早11号（DH07-21）、1139三个品种；鼎新片以新陆早42号、敦棉431为主体品种,搭配种植酒棉10号、新陆早48号、合信1号三个品种。棉花种子经营仍然实行主渠道经营，即敦煌种业金塔县良种棉收购加工厂、敦煌种业金塔县种子公司、金塔县农技推广中心为主营单位,其它任何单位、个人不得从新疆调运棉花种子。未经审定和没有参加当地区域试验或未登记备案的品种（系），任何单位和个人不得引进推广，有效防止乱引乱调、品种不适应和病虫害蔓延给我县棉花产业发展带来不利影响。
三、洋葱品种：结合近几年洋葱种植品种结构、供种渠道和区域实验结果。全县洋葱品种结构为：福星、金贵、科士特、安特一号、国王、金满地、红衣佳人主体推广品种；牧童、金帝603、紫金505为示范推广品种。继续坚持引进、试验、示范推广三步走的路子，坚决杜绝乱引乱调和采取合同定单的形式销售种子，防止洋葱商贩以收购洋葱为由提供假劣种子坑农害农。
四、瓜菜品种：全部选用杂优一代良种，西瓜以红优2号、西农8号等为主体品种；甜瓜以瓜洲王子、银帝等为主体品种；辣椒以美国红为主体品种；日光温室积极引进优质、丰产、多抗、专用、广适性的瓜菜新品种，逐步向名、优、新、特方面迈进。各乡镇根据生产进度提出用种计划，由县农技推广中心开展有偿服务，提供优质品种及苗木。
五、籽瓜、孜然、食葵等经济作物要健立健全种子经营登记备案制度。籽瓜主要推广民籽一号、新籽1号品种；孜然主要推广新疆孜然王；食葵主要推广先瑞2177、5009等优良品种。
