经济观察网 记者 降蕴彰 在2009年10月农业部给3个转基因主粮品种颁发安全证书之后，国家农业转基因生物安全委员会副主任黄大昉等曾表示，在未来3—5年内我国将实现转基因主粮商业化。按照黄大昉等人当时的说法，今年将有可能实现转基因主粮的商业化推广。
从现在来看，黄大昉等的预测有些太乐观，从农业部给张启发的转基因水稻、范云六的转基因玉米品种颁发安全证书被媒体报道之后，农业部就受到强大的舆论攻势，在2010年的两会前夕，更有百人上书反对商业化推广转基因，全国人大、政协委员亦联名上交提案“反转”提案，招致国内外广泛关注。
国内转基因商业化遭到质疑的原因除了对转基因技术可能引发的食品安全、生态安全之外，国内一些农业专家、种子专家也指出，国内目前在转基因主粮的研究、推广、监管乃至后期企业运作等方面，还明显都很不成熟，政府应该对转基因主粮产业化持审慎态度。
中国农科院种业专家佟屏亚是反对转基因商业化推广的专家之一，据他所说，2009年获得农业部颁发安全证书的转基因水稻品种——“Bt汕优63”，实际上只是张启发研究中把已经“退役”的旧水稻品种——“汕优63”转入了抗虫基因，这样培育的转基因水稻品种缺乏创新，算不得优良品种。
张启发研究团队的说法是“Bt汕优63”可提高8%的产量，但据几位种业专家分析得出的结论是，目前国内专家培育的转基因种子并没有“增产基因”， 由于种植转基因农作物可以抗虫害，转基因研究人员所谓的“增产”，只是将种植转基因农作物种子节省的农药费用核算为增产粮食的产量。
范云六培育的转基因植酸酶玉米也没有发挥转基因增产的“能量”。据其手下的一名科研人员所说，转基因植酸酶玉米与其他玉米品种相比突出功能主要是“能帮助猪鸡鸭等单胃动物消化饲料中丰富的磷”，从而减少来自动物粪便对环境的污染，并没有抗虫抗病和提高产量的功能。
与转基因品种同时遭受强烈质疑的还有农业部对转基因市场的管理。近年来，媒体不断报道在湖北、湖南等地发现种植转基因水稻，绿色和平组织在北京发布多次召开发布会，声称调查发现国内多地有转基因水稻非法种植、非法销售现象，但农业部作为我国转基因最主要决策部门，一直采取回避的态度。
近期来自农业部内部人士最新的说法是，农业部相关人员去年10月曾赴美国考察，考察人员一致认为，国内目前在转基因主粮的研究、推广、监管等方面都不成熟，具体到种子企业的实力方面更是与美国孟山都、先锋种业等相差悬殊，当务之急是蓄势培育一批育繁推一体化的大型骨干种子企业。
对于今年中央一号文件中再次重申国家“将继续实施转基因生物新品种培育科技重大专项”，前述农业部内部人士表示，决策层对转基因主粮商业化推进极为慎重，在“十二五”乃至更长的时间内，转基因主粮技术只是在科研的层面上会大力推进，而不存在商业化推广的可能。
