公司是甘肃省农业产业化龙头企业，依托西北区位优势，主要经营种子、棉花、蔬菜的生产、加工与销售，其制种面积在国内位居前列。公司的种子业务涵盖预约生产、自主知识产权品种、合资公司三种运营模式，未来主要看点在吉祥一号与先玉335。
公司积极转向自主知识产权品种，其中2011年购买的吉祥一号值得关注。比照郑单958与北京德农，一旦吉祥一号通过国审，有望高速推广，中原证券预测2012-2014年推广面积为200万亩、500万亩、1000万亩。合资公司敦煌先锋仍以先玉335为主打品种，估计品种未来在北方春播区推广面积可达5000万亩，相对2011年仍有50%的提升空间，中原证券预测2012-2013年制种面积为13万亩、15万亩。但由于成本因素，导致毛利率出现下滑。
棉花业务与食品加工业务是敦煌种业[19.92 1.27% 股吧 研报]另两项主营业务。其中，棉花业务波动性较大，影响公司整体业绩。食品加工业务未来产能逐步释放，将成为新的盈利增长点。
中原证券预计公司2011-2013年营业收入分别为18.69亿元、22.07亿元、26.39亿元，预测EPS分别为0.21元、0.75元、1.20元，考虑公司种业处于转型期，未来发展步伐较快，给予公司2012年25倍-30倍PE和“增持”投资评级。
