油菜根腐病是油菜苗期的主要病害。是一种真菌性病害，发病初期是靠近地面的茎叶出现黑色凹陷病斑，湿度大时，病斑上长出淡褐色蛛丝状菌丝，病叶发黄，易脱落；成株期受害后，根茎部膨大，根上均有灰黑色凹陷斑，稍软，主根易拔断，断截上部常生有少量次生须根。严重时菜苗全株枯萎，越冬期不耐严寒，易受冻害死苗。
综合防治措施：
1、实行轮作。油菜尽量做到不连续两年重播，避开与十字花科作物重茬；选择土壤结构理想的无病田作育苗基地，减少根腐病初侵染途径。
2、精细整地。油菜地选定后，要及时翻耕晒垄，整畦挖沟，施用腐熟的农家肥；做到阴雨天水不上畦，沟无积水；对于低洼易积水的田块，应采用高畦深沟，及时降低土壤湿度，促进菜苗根系发育，增强植株抗病能力。
3、合理密植，适时间苗。苗床期是预防油菜根腐病发生侵染的关键时期，应根据不同油菜品种特性，确定合理的播种量；苗龄3叶期后应及时间苗，去除病弱苗，增强苗床透光通风性，降低植株间湿度，压低幼苗发病率，培育健壮移栽苗。
4、化学防治。（1）苗床选定翻耕时，每亩施用石灰粉50千克；或在苗床整畦时，亩用70%敌克松可湿性粉剂1千克，兑干细土30千克，拌匀成药土，播种前撒施畦内，进行土壤处理。（2）油菜苗刚进入发病初期，应抢晴天及时采用药剂防治，抑制病情扩展。亩用75%百菌清可湿性粉剂600～700倍液；或50%多菌灵可湿性粉剂800～1000倍液；或70%敌克松可湿性粉剂1000倍液；亩喷洒药液60千克，重病田间隔7天喷洒1次，连续2～3次，有较好的预防和治疗作用。
