目前，黑龙江省商业化育种体系尚未建立。而黑龙江省科研育种主要集中在科研单位，大多数科研单位都在重点从事商业化育种，种业基础性、公益性研究薄弱。种子企业则对育种投入不足，无力承担商业育种任务。而且育种资源过度分散，缺乏有效整合，很难形成技术创新合力。因此，新品种选育集成度低，突破性品种少，致使一些品种连年种植，品性退化却没有新品种替代。
要突破产学研脱节这一制约黑龙江省种业发展的瓶颈，需要对种子科研单位和种子企业重新进行角色定位，明确科研单位和企业的社会分工与合作关系。
目前，黑龙江省正全力促进种业科技资源整合，将从政策和项目上引导省农科院、农垦科学院、东北农业大学、八一农垦大学等农业科研单位、高等院校和种子企业开展联合攻关，鼓励科研成果、育种资源和人才向企业合理流动，提高种业科研的集约度和集成度，提高种业科技创新能力。
有专家认为，虽然农业科研单位对我国种业的发展作出了历史性的贡献，但是面对当今的种业形势，单靠这些科研单位无法完成建立强大的现代种业体系重任，必须在一个过渡时期内完成角色转变，加速向种子产业链上、中游的研究领域过渡，这些单位的育种力量和育种资源也应有条件地逐步向大中型种子企业转移。而商业化育种应逐步转向企业，这是发达国家成功的经验，也是跨国种子集团的成功模式。
黑龙江省政府在《关于加快推进现代农作物种业发展的实施意见》中明确指出：农业科研院所和高等院校重点开展基础性、公益性研究，企业逐步成为商业化育种主体，加快商业化育种步伐，尽快培育出黑龙江省的“拳头”品种。选育推广一批高产、耐密性强、脱水速度快、抗性好的优良玉米品种及在产量、品质、抗病、适应性等方面有重大突破的水稻品种，全面提高黑龙江省品种选育水平。
据黑龙江省种子管理局信息，目前，黑龙江省商业化育种机制已初具雏形，全省有新品种选育能力的科研单位和种子企业共137家，包括省农科院、东北农业大学、八一农垦大学等大专院校27家，种子企业110家。
近两年，久龙种业、鑫鑫种业、丰禾种业、巴彦玉米大豆研究所、宾县宾丰玉米研究所等一批民营企业、科研单位发展势头迅猛。久龙系列、鑫鑫系列、丰禾系列、巴玉系列、宾玉系列等一批玉米新品种通过审定推广，为黑龙江省玉米品种由“稀植大穗型”向“收敛耐密型”转变做出了重要贡献。
最近，黑龙江省垦丰种业、富尔农艺等8家国内大型种子企业与中国农业科学院作物科学研究所联合成立了“中国玉米种业产学研联合创新中心”，为黑龙江省种子企业走出黑龙江，迈向全国乃至世界种子市场奠定了基础。
近期，黑龙江省种子管理局正努力建设优势苗头品种孵化提升项目，对全省近年审定的、能够与国内外优势品种相抗衡的“克单14”、“鑫科玉1号”、“久龙14”、“龙粳31”、“五优稻4号”等品种进行孵化提升，迅速扩大这些品种的种植面积和应用推广。
