人们在施用有机肥料前通常会将其堆置腐熟，这是因为没有腐熟的有机肥料中所含养分形态绝大部分是缓效态的，不能被作物直接吸收利用。如果将未腐熟的有机肥料施入土壤中，不仅肥效差，而且有机肥中的杂草籽、虫卵、病菌也不能被消除，对于作物生长发育极为不利。因此，腐熟的有机肥料相对于未腐熟前养分释放较迅速、肥效较高，减少了作物生长发育过程中杂草数量，降低病虫害发生机率，同时避免其在土壤中腐熟产生高温，造成“烧苗”。
有机肥料腐熟是一个非常复杂的过程。土壤微生物的活动是土壤中有机质在矿质化和腐殖化过程中必不可少的因素，要想使有机肥料中的有机质分解、释放养分就必须依靠微生物的活动才能实现。
在有机肥料腐熟过程中，其中的有机质在微生物作用下同时进行着分解与合成两个过程。一方面，一些有机质由复杂的形态转变为简单的形态，由不溶于水的物质变成水溶性的物质，因为作物吸收养分元素大部分以离子形式吸收，所以这一过程提高了养分的有效性，使养分易被作物吸收利用，这一过程叫做有机肥料的矿质化过程。另一方面，一些简单的化合物或分解过程中的中间产物，在微生物作用下，重新合成为复杂的化合物，最后可合成为腐殖质，这一过程被称为腐殖化过程，因此，腐殖质的产生是有机肥料腐熟的重要标志。
