微生物菌肥最显著的特征在于它是一种活的、有生命的肥料。它是由一种或多种有益微生物经工业化培养发酵而成的生物性肥料。
一、微生物肥料的种类
目前，农业上应用最广泛的是根瘤剂，其次是抗生菌肥料和固氮菌剂，近年来磷细菌剂和钾细菌剂应用也日趋广泛。之后又出现了集造肥、促生、抗病、抗逆、改良土壤等多功能于一身的放线菌类微生物菌剂。生物有机肥是由微生物菌剂和优质有机肥混合而成的生物肥料，在生产实践中效果较明显，成为部分或全部替代化肥的新生力量。
二、微生物肥料的主要特点
根瘤菌肥主要含有根瘤菌，根瘤菌与豆科作物共生，利用豆科植物提供的养料进行生物固氮。
钾细菌肥料又称生物钾肥、硅酸盐菌剂，其主要成分是硅酸盐细菌。该菌剂除了能强烈分解土壤中硅酸盐类的钾外，还能分解土壤中难溶性的磷。使土壤中不能被作物直接吸收的钾、磷转化为能吸收的速效钾、磷,增加土壤钾、磷素的含量。不仅可改善作物的营养条件，还能提高作物对养分的利用能力。
施用生物钾肥是缓解我国钾肥不足、改善土壤大面积缺钾状况的有效措施。生产中需要注意的是，钾细菌肥料本身不含有钾肥，所以应用时仍要配施钾肥。
固氮菌肥料能在常温常压下利用空气中的氮气作为氮素养料，将分子态氮还原为氨，产生固氮作用。
磷细菌肥料就是能把土壤中的无效磷转化成有效磷的一种微生物制剂。
放线菌是化解有机营养型的微生物，分解有机碳化物获得碳源和能源。复合菌肥由一种以上的微生物菌剂复合而成的微生物肥料。
