以企业为主体的商业化育种新机制实施两年来进展缓慢。两会期间，来自种业界的一些全国人大代表在分析原因时指出，当前商业化育种面临两大问题：一是育种的商业性和公益性在实践中难以划分，科研院所退出商业化育种领域存在实际困难；二是受传统育种科研体制制约，民族种企短期内还难以扮演种业创新的主体角色。
2011年，国务院颁发的《关于加快推进现代农作物种业发展的意见》提出建立以种子企业为主体的商业化育种机制，要求科研院校退出商业化育种领域，转向公益性和基础性研究。
全国人大代表、河南农科院小麦研究所所长许为刚说，《意见》进行这样的功能划分，初衷是为了解决科研体制存在的弊端，加快发展中国种业，应对国外种企咄咄逼人的态势，这种划分符合国际潮流，对种业发展是必要的。但是在实践中，育种的商业性和公益性难以区分。育种是以产品创造为目标的应用科学，公益性和商业性之间存在必然联系。更重要的是，现代生物育种不仅是要揭示某种自然规律，而且还要获得知识产权。可以设想，如果没有知识产权，将来搞育种就会面临无米之炊的尴尬局面。在这个意义上，基础性研究又是商业性研究。
除了育种科学本身的特殊性外，基于中国种企整体实力落后的现状，一些代表认为，民族种企要承担起育种创新主体的重任尚需时日。全国人大代表、安徽省宿州农科院副研究员杨杰表示，做大、做强企业是国家针对国外种企逐步占领中国市场的严峻局面而采取的科学措施，但因中国多年来育种工作一直由科研院所承担，种企仅负责市场销售，如果科研院所现在完全从商业化育种领域退出，种企短期内难以成长为创新主体。
全国人大代表、冠丰种业董事长方才臣则认为，建立以企业为主体、以市场为导向、产学研相结合的技术创新体系是未来种业发展的必然方向，而要让企业成为创新主体，关键是要制定政策，让资金、项目和人才向企业流动。他说，目前社会有一种不好的现象，就是大家都不愿意到企业来，而在国外，很多尖端人才都集中在企业。以美国孟山都为例，一个公司拥有两位诺贝尔奖获得者。此外，他还建议，政府在资金扶持上不能像过去撒胡椒面似的面面俱到，要重点投放，因为分散只能带来低水平的重复，难以将种业做精、做细。
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