抗虫棉有效控制了棉铃虫危害，蕾铃脱落数量大大减少，生殖生长旺盛，结铃早而多，需肥高峰来得快而猛。若按传统施肥方法，往往不能满足其需求，致使其营养生长不良而发生早衰。加之抗虫棉因导入了抗虫基因，其抗病能力下降，易发生红叶茎枯病等病害，而钾肥有增强棉花抗逆性的功能和防病效果。
若盲目增施氮、磷肥，忽视有机肥和钾肥的施用，不但会增加施肥成本，而且还往往导致棉花不是早衰就是晚熟，对产量和品质影响很大。因此要增施有机肥、钾肥，减少氮、磷肥，每亩施有机肥3000公斤左右、钾肥10~15公斤。由传统的每亩施尿素25~30公斤、过磷酸钙50公斤，减至每亩施尿素12公斤、过磷酸钙25公斤。将上述肥料，结合整地深施15厘米以下。
改花铃肥一次集中施用为两次施用：花铃期是棉花一生中生长发育最旺盛、需肥最多的时期，需重施花铃肥。一般需每亩施尿素25~30公斤、钾肥10公斤。针对抗虫棉开花结铃快而集中的特点，可将花铃肥的2/3施在初花期，剩余的1/3过15天左右再追施，这样既能满足棉花不断开花结铃的需要，又有效避免了棉株的徒长和早衰。
改盖顶肥土壤追施为叶面追施：棉花生长后期，根系的吸收能力下降，若养分不足，极易引起早衰，需施盖顶肥。叶面追施盖顶肥具有简便、见效快、效果好、省肥等优点，可比土壤追施节省2/3的肥料。
