1、砧木与西瓜的亲和力。
包括嫁接亲和力和共生亲和力两方面。嫁接亲和力是指嫁接后砧木与接穗(西瓜)愈合的程度。嫁接亲和力可用嫁接后的成活百分率来表示，排除嫁接的技术因素外，若嫁接后砧木很快与接穗愈合，成活率高，则表明该砧木与西瓜的嫁接亲和力高，反之则低；共生亲和力是指嫁接成活后两者的共生状况，通常用嫁接成活后，嫁接苗的生长发育速度、生育正常与否、结果后的负载能力等来表示。为了在苗期判断共生亲和力，则可利用成活后的幼苗生长速度为指标。嫁接亲和力和共生亲和力并不一定一致。有的砧木嫁接成活率很高，但进入结果初期便表现不良，甚至出现急性凋萎，表现共生亲和力差。据各地试验，瓢瓜、葫芦、新士佐南瓜(F1)、黑籽南瓜、野生西瓜等均有较好的亲和性。
2、砧木的抗枯萎病能力。
导致西瓜发生枯萎病的病原菌中，以西瓜菌和葫芦菌最为重要。因此，所用砧木必须同时能抗这两种病菌。在众多的砧木中，只有南瓜能兼抗这两种病原菌，因而南瓜是较为可靠的抗病砧木。生产上选用的抗病砧木应能达到100％的植株不发生枯萎病。
3、砧木对西瓜品质的影响。
不同的砧木对西瓜的品质有不同的影响；不同的西瓜品种，对同一种砧木的嫁接反应也不完全一样。西瓜嫁接栽培必须选择适宜的砧／穗组合，使其对西瓜品质基本无不良影响。一般南瓜砧易使西瓜的果实果皮变厚、果肉纤维增多、肉质变硬，并可能导致含糖量下降，而西瓜共砧或葫芦砧较少有此现象。
4、砧木对不良条件的适应能力。
在西瓜早熟栽培中，采用嫁接栽培时，西瓜植株的耐低温能力、雌花出现早晚和在低温下稳定坐果的能力，以及根群的扩展和吸肥能力，耐旱性和对土壤酸碱度的适应性等，都受砧木固有特性的影响。由于早春温度(尤其是地温)低，因此，应选用在低温环境中生长能力强和低温坐果性好、对不良环境条件适应性强的砧木。
