投资农作物种业，是现代种业发展基金设立的出发点，是国家赋予的使命，先农投资作为现代种业发展基金管理人将专注于为我国种业发展服务，在具体投资领域上侧重于关系国家粮食安全的一些主要作物品种，如玉米、水稻、小麦、大豆、马铃薯等，同时兼顾一些具有竞争优势的品种，如棉花、油菜、花生等。另外，基金还将根据国家农业产业政策要求，结合基金发展实际，适时投资畜牧、水产等种业领域，并适当向其他农业领域外延和拓展。
基金以股权投资为主要形式，向有发展潜力的种子企业提供资金、管理等方面的支持。具体将根据标的企业情况，采取包括普通股、优先股、优先认股权、可转债等方式投资参股，通过优化股权结构和管理输出，改善被投资企业公司治理和财务管理，提升被投资企业产业地位和企业价值。
基金作为企业参股方，不谋求实质控制。通过为企业提供各项增值服务，促进企业提升品种研发能力、标准化生产能力、网络营销能力和系统综合管理能力，为企业积极参与市场竞争增添活力和动力。
基金投资标的选择，将突出4个重点：一是大型现代农作物种业集团或具备这一潜质的种业企业；二是育繁推一体化的专业化种子企业，一般要求每年研发投入占经营收入的5%以上，国内目标作物市场占有率10%以上；三是在产业链中某些环节的资源优势突出、能够通过并购整合其他渠道资源迅速成长为以上层级的企业；四是探索参与国家级育种基地、种子交易平台以及科研育种平台的投资建设。
