1、袋料面涌现白色絮状气生菌丝
起因：①菌袋含水量偏低，保湿发菌阶段空气温度不足。②搔菌后，催蕾室内二氧化碳浓度偏高，通风不足，延长了营养生长向生殖生长转化的时间。
办法：①调整培养基含水量。②增长保湿发菌阶段空气相对湿度，避免气生菌丝生长过旺，形成菌膜。做好催蕾阶段室内保温与通风工作。
2、“搔菌”3天后，不见料面料恢复
起因：催蕾室小环境的空气过于流通，菌袋料面覆盖物未盖严。
办法：集中解决，用冷开水延续2天内轻喷2—3次，使料面湿润，喷水10分钟后再覆盖，维持覆盖物与料面之间有较高的相对湿度。
3、菌袋料面呈黑色湿润状
起因：①直接将生水喷洒于料面。②薄膜水时间覆盖料面，引起膜上冷凝水回滴，导致菌丝萎缩，料面变黑。
办法：用灭过菌的小刀挖去发黑部分培养料，重新保湿发菌。
4、菇蕾变色枯死
起因：在引诱出菇阶段所分泌的小水珠未能及时风干，使菇蕾原基被分泌的水珠沉没，窒息而死。
办法：待料面涌现渺小水珠时，逐步加大室内通风，使室内的小水珠风干，水珠色彩呈淡黄色，清亮为正常，若呈茶褐色或浑浊时，视为已被细菌感染。
5、原基密密麻麻，有效菇稀稀拉拉
起因：主要是金针菇发育不同步所致，因为抑制开伞，片面提高二氧化碳浓度，过早地将菌袋翻折下的塑料薄膜拉起，或过早进行套袋，使大部分菇蕾因得不到足够的氧气供给而窒息。
办法：应依据不同季节，不同栽培环境，采取不同通风量的办法来解决。在抑制阶段要加大室内通风，让长得高的菇蕾发白。春夏秋冬，雨天要加大室内空气循环量，相对湿度维持80％—85％，宜采取竖直往复式升降扇，确保栽培架每一层空气均能充分流动。
6、涌现菌盖相连，菇柄扁平的“连体菇”
起因：菇房内换气不充分，以及菌丝未达到生理成熟，培养基过干、菌种老化等起因均会导致“连体菇”的产生。
办法：以简易二氧化碳测定仪监测基房内子实体不同发育阶段二氧化碳的含量；子实体发育进程中光强应低于200Lx，每天受光2小时，分数次进行。
