转基因监管拷问
作为支持转基因阵营中的温和派人士，东方艾格农业分析师马文峰认为，中国可以分步骤实施转基因商业化种植，先可以作为饲料粮和工业用粮，将来逐步来推广，而非目前一步到位。
但反转派的许多人士依旧对此表示出巨大担忧。张菁说：“事实证明转基因作物释放到环境中去，就有可能发生失控的风险。”
她举例说，中国在2006年曾批准了转基因木瓜的商业化种植，但规定种植区域仅限于广东省，而绿色和平在2009年的采样调查中发现，海南省的三个木瓜农场中都种植有转基因木瓜。
按照现行的《农业转基因生物安全管理条例》，转基因植物品种在培育出来后，需要经过安全性评价阶段，才能获得安全证书。而安全性评价阶段，则包括实验室、中间试验、环境释放和生产性试验四个阶段。获得安全证书，意味着仅完成商业化种植前的所有安全认定工作，但并不等于可以进行实验室以外的种植和销售。
来自欧盟的预警通报却显示，“欧盟食品和饲料快速预警通报”自2006年开始总计通报了184次中国输欧食品中被检测出非法转基因，其中2012年39次，2011年29次，2010年46次，2009年15次，2008年18次，2007年9次，2006年10次。而184次中，大米制品和含有大米的制品175次。
从2004年开始，湖北地区最少有950~1200吨转基因大米已经流入市场；2005年的种植面积至少为20000~25000亩，涉及转基因大米10000吨-12500吨。
2012年，绿色和平再度对市面上的流通大米进行了抽检，结果发现有6份样本含转基因水稻成分，非法转基因成分污染的检出率达到7.9%。问题样本分别为：取自湖北武汉和安徽六安的4份大米样本检出转基因成分，并确认为Bt63转基因水稻。
在此之前，安徽从未进入过转基因非法种植的版图，而在国家没有任何批准的情况下，转基因的地下种植猖狂之甚，让很多农业人士感到担忧。
21世纪经济报道曾赶赴安徽六安地区对当地进行转基因调查，结果显示，不论是当地官方、还是种植户，对转基因一事都表示毫不知情。
一位当地农委的官员表示，目前农业监管者对转基因的监督手段极为有限，把关只能从种子报备、销售检查的层面进行实施，但是转基因的种子无法用肉眼识别，而转基因的专业检测费用极为昂贵，不是农业部门的现有预算可以负担的。
目前，一种学界观点认为，转基因作物在大田种植过程中有产生基因漂移的风险，会对本地物种和野生近源物种的基因造成污染，从而造成监管困难。
中国科学院植物研究所研究员魏伟告诉记者：“转基因扩散有2个渠道，花粉和种子。转基因可以通过花粉（水稻的雌蕊、雄蕊）会扩散到邻近区域，种子产生的过程就是花粉和聚头结果，雄蕊的划分和雌蕊的聚头结合后形成胚胎。水稻也有花粉，是两性花。花粉通过空气、水、昆虫进行传播。所以不排除你不种，但是附近有别人种，然后扩散到你这。”
“失控”的转基因：食品污染之忧
2004年以来，转基因水稻污染南方水稻的阴影一直笼罩在国内。绿色和平组织曾于2005年4月13日发布《非法转基因水稻污染中国大米》调查报告，认为转基因种植在湖北等地的种植已经非常广泛。
湖北省农业厅对相关违规企业进行处罚， 随即对已种植的上万亩转基因水稻进行铲除，但是散落种子已混入到普通稻种中，并流传至湖北、湖南、江西等地。中国出口欧盟的米制食品29次被检测出含有转基因成分，导致中国出口产品受到严格监管，损失巨大。
国家环境保护部首席专家薛达元对21世纪经济报道表示：转基因水稻流入市场，对国内民制品影响很大，婴幼儿辅食都被检出含有转基因成分，但是对国内经济造成多大损失，目前没有评估。目前没有人对此进行跟踪监测，也没有人受到处罚。
推广与“反转”并行
植物转基因技术诞生于1983年， 在孟山都、拜耳、巴斯夫、杜邦等跨国巨头的推动下，转基因迅速席卷全球。
今年3月，国际农业生物技术应用服务组织（ISAAA）在京发布年度报告称，2012年全球转基因作物种植面积达到约1.7亿公顷，比2011年增长6%。按照种植面积统计，全球约81%的大豆、35%的玉米、30%的油菜和81%的棉花是转基因产品。
报告显示，转基因作物种植面积排在前5位的国家是美国、巴西、阿根廷、加拿大、印度。我国种植面积约400万公顷，居第6位，其中绝大部分是转基因抗虫棉（占我国棉花种植面积的80%），还有少量的木瓜、西红柿、甜椒等。
但是伴随转基因商业化种植的高歌猛进，连续出现多起公共事件，引发全球大范围的反转运动。
1998年秋，英国苏格兰Rowett研究所的普斯泰（Arpad Pusztai）在英国电视台宣称：他用转雪花莲凝集素基因的马铃薯喂大鼠，导致大鼠体重及器官重量严重减轻，免疫系统被损坏。反生物技术组织策划了焚烧破坏转基因作物试验地、阻止转基因作物产品进出口、示威游行等活动。
1999年美国康奈尔大学Losey等宣布，在实验室以拌有转Bt基因抗虫玉米花粉的马利筋草喂养帝王蝶幼虫可导致死亡，这一结果被解释为转基因威胁非目标昆虫。
2001年11月，美国加利福尼亚大学伯克利分校的David Chapela和David Quist在Nature上发表文章，声称在墨西哥南部Oaxaca地区采集的6个玉米地方品种样本中，发现有CaMV 35S启动子及Novartis Bt11抗虫玉米种的adh1基因相似序列。环保组织，说墨西哥玉米已经受到“基因污染”，甚至指责墨西哥小麦玉米改良中心的基因库也可能受到“基因污染”。
尽管上述多起公共事件事后被证明不实，对转基因商业种植潜在的风险担忧让转基因产品的推广必须更加审慎。
非法种植“污染”食物链
转基因产品的安全性和潜在威胁目前尚未被科学证实，但是非法转基因种子污染农产品却切实存在。
2000年9月，Aventis公司的转基因星联玉米的残留物在脆皮玉米饼（taco shells）中被检出，表明它已进入人类的食物链。美国环境保护署（EPA）本来批准这一转基因谷物仅用于动物饲料。污染被发现后，美国本土和出口到韩国、日本的玉米都被召回销毁，所有的转基因食品被召回。随后，Aventis公司在2000年10月撤消了对星联玉米品种的登记，并承诺它将不再生产。Aventis公司后来为拜耳所收购。
但是9月2日，阿拉伯媒体报道，根据一项新的研究，沙特的食物链已被转基因成分广泛污染，发现包括十多年前在美国被禁止用于人类消费的有争议的星联转基因玉米。
这只是其中一个案例。绿色和平统计的资料显示：2000年，Aventis公司正在田间试验的抗草胺膦甜菜被发现被另一种未获批准的转基因品种污染；2003年，科学家错误地将转基因番茄种子分发给在美国和其他国家的同事；2003年，西班牙有机玉米被转基因污染；2005年瑞士先正达披露，2001-2004年间，该公司无意间生产并分发了几百吨未经批准的转基因Bt10玉米。
而同时期发生在湖北的水稻受污，则成为国内转基因污染最大的事件。绿色和平组织指出：综合估计湖北2004年最少有950－1200吨转基因大米已经流入市场。2005年的种植面积至少为20000－25000亩，如果不加阻止的话，可产转基因大米10000-12500吨。而且，因为转基因大米会被混入到普通大米，因此受污染的大米数量远不止此数字。
随后农业部和湖北省组织调查，证实了非法转基因种植的存在。2005年8月11日，湖北省政府委托省农业厅就“转基因水稻事件”首次发表申明，指出武汉科尼植物基因有限公司、武汉禾盛种衣剂有限责任公司、华中农大新技术研发公司在承担转基因水稻生产性实验过程中，“擅自扩大制种”，并责成有关单位对其进行处罚。
湖北省农业厅随即对已种植的上万亩转基因水稻进行铲除，并对农民进行每亩约四五百块钱的补助。随后，农业部下发通知，要求全国各地加强转基因安全监管工作。
当时，湖北非法流出的转基因水稻来源为华中农业大学张启发教授及其团队研发的“华恢1号”和“BT汕优63”2个转基因水稻。
当时，农业部未对上述2个转基因水稻授予安全证明书，也没有批准商业化种植转基因水稻，但绿色和平从湖北采集的25个稻米样本有19个被欧洲的权威实验室检测为转基因品种，而且当中包括种子、稻谷和大米，显示转基因水稻不单在非法销售和种植，而且已经流入食物链，污染着我国最重要的主粮。
令人担忧的食品污染
转基因水稻事件曝光后，由于非法转基因种植扩散面大，至今仍未得到有效治理，并且给各种食品安全带来风险。
薛达元告诉记者，由于转基因水稻流入市场，对中国的米制品出口影响很大，但到底造成多大损失，目前没有统计数据，“现在没有人跟踪监测”。
2011年12月23日，欧盟官方公报发布了2011/884/EU号执行决议，再次关注转基因生物（GMOs）的污染问题，将措施管辖的范围扩展到所有在中国米产品中发现的转基因品系，并对中国米产品实施史上最为严苛的入境检查。
决议涵盖的25种米产品包括未去壳米、去壳糙米、米粉、米浆及米糊、米粒、片状米粒、大米淀粉、以及婴幼儿食用的大米配制品等25种产品。出口到欧盟必须接受强制性转基因成分检测，并依据检测结果对不合格采取退货和销毁处理措施。
此外，决议要求食品和饲料经营者，预先通知货物抵达的估计日期，时间和地点。官方控制产生的所有费用，包括取样、分析、仓储、以及针对不合格货物采取的措施，由食品和饲料的经营者负责。这实际上堵上了中国出口欧盟的大门。
转基因（GM）食品在欧盟一直被高度监管。欧盟1829/2003号法规规定，未经非常严格的程序授权，转基因食品或饲料不得在欧盟上市。这些产品只有对人类健康，动物健康或环境无害，且不会误导消费者或用户的情况下，才可能被授权。
21世纪经济报道获悉，国内尽管明确要求含有转基因成分的食品必须强制标示，但是由于目前流出的转基因水稻都属于非法种植，也就难以达到这一要求。
