立足建设种业强国、确保生态及粮食安全，充分发挥市场的决定性作用。该《意见》是对 2011 年《国务院关于加快推进现代农作物种业发展的意见》的继承、发展和具体落实，更加突出种业科研体制改革的重要性，同时对种业科研体制改革的方向和方法做了具体阐述。《意见》提出深化种业体制改革，充分发挥市场在种业资源配置中的决定性作用，突出以种子企业为主体，推动育种人才、技术、资源依法向企业流动，充分调动科研人员积极性，保护科研人员发明创造的合法权益，促进产学研结合，提高企业自主创新能力，构建商业化育种体系，加快推进现代种业发展，建设种业强国，为国家粮食安全、生态安全和农林业持续稳定发展提供根本性保障。
育种收归企业，公益性侧重理论和种质挖掘。 《意见》鼓励种子企业加大研发投入，建立股份制研发机构；鼓励有实力的种子企业并购转制为企业的科研机构。国家和省部级工程技术研究中心、企业技术中心、重点实验室等种业产业化技术创新平台，要优先向符合条件的育繁推一体化种子企业倾斜。确定为公益性的科研院所和高等院校，在 2015 年底前实现与其所办的种子企业脱钩；其他科研院所逐步实行企业化改革。 支持科研院所和高等院校重点开展育种理论、共性技术、种质资源挖掘、育种材料创新等基础性研究和常规作物、林木育种等公益性研究，构建现代分子育种新技术、新方法，创制突破性的抗逆、优质、高产的育种新材料。国家财政科研经费加大用于基础性公益性研究的投入，逐步减少用于农业科研院所和高等院校开展杂交玉米、杂交水稻、杂交油菜、杂交棉花和蔬菜商业化育种的投入。
科研为市场服务，强调国际合作。公益性的科研院所和高等院校利用国家拨款发明的育种材料、新品种和技术成果，可以申请品种权、专利等知识产权，可以作价到企业投资入股，也可以上市公开交易。支持科研院所和高等院校通过兼职、挂职、签订合同等方式，与企业开展人才合作。鼓励科研院所和高等院校科研人员到企业从事商业化育种工作。鼓励育种科研人员创新创业。改变论文导向机制，加强种业实用型人才培养，商业化育种成果及推广面积可以作为职称评定的重要依据。支持高等院校开展企业育种研发人员培训。完善种业人才出国培养机制。支持企业建立院士工作站、博士后科研工作站。调动企业技术创新的积极性并发挥现代种业发展基金的引导作用，广泛吸引社会、金融资本投入，支持企业开展商业化育种。鼓励企业“走出去”开展国际合作。
支持制种企业基础条件建设，建设南繁科研育种基地： 《意见》指出要加大对国家级制种基地和制种大县政策支持力度，加快农作物制种基地、林木良种基地、保障性苗圃基础设施和基本条件建设。落实制种保险（放心保）、林木良种补贴政策，研究制定粮食作物制种大县奖励、林木种子贮备等政策，鼓励农业发展银行加大对种子收储加工企业的信贷支持力度。充分发挥市场机制作用，通过土地入股、租赁等方式，推动土地向制种大户、农民合作社流转，支持种子企业与制种大户、农民合作社建立长期稳定的合作关系，建立合理的利益分享机制。在海南三亚、陵水、乐东等区域划定南繁科研育种保护区，实行用途管制，纳入基本农田范围予以永久保护。研究建立中央、地方、社会资本多元化投资机制，建设南繁科研育种基地。
投资评级和投资建议：我们认为种业新政基调与前期政策一脉相承，继续强化企业在育种方面的已有优势，科研院所原有的育种优势将不复存在，实质上重塑了中国种业格局 。这将强化资本在育种领域的话语权，同时通过国际合作，中国种业将更深入地融入国际种业。《意见》显然对种业龙头具有利好效应，尽管意见中未提及民族种业，但我们判断民族种业仍然可能是最大的受益者，维持行业“看好”评级。
风险因素：生物多样性风险、生态安全及其它政策风险。
