蔬菜尤其是设施蔬菜具有更高的经济效益。因此，农民往往选择土壤肥力和灌溉条件较好的农田种植蔬菜，这种土壤本身一般不存在微量元素缺乏问题。但随着作物栽培种类和产量水平等的变化，作物对微量元素的需求量上升，加之蔬菜长年施用大量的化肥，菜田土壤的一些微量元素缺乏问题日渐严重。
由于施用有机肥对土壤铁、锰、铜、锌有明显的补充作用，蔬菜上这些元素的缺乏并不常见，所应避免的是过量问题。另外，钼的需求量很小，菜园土壤缺钼的情况也较少。
一般情况下，蔬菜作物对镁的需求比较少，但对果菜类蔬菜，特别是露地栽培，镁肥往往显得比较重要。硫酸镁比其他形态速效，果实肥大期用作追肥比较适宜。显著缺镁的土壤，施镁量可达每公顷20～30千克。在果菜类栽培中，如在栽培前先施入少量镁肥则比较安全。
近年来，有些地方由于长期施用高浓度不含硫化肥，导致一些需硫较多的作物（如大豆、葱、蒜等）生长不良。硫肥在蔬菜中具有积极效果的为十字花科结球类蔬菜，洋葱和大蒜，绿豆以及马铃薯等。其中油菜和葱属作物对硫的需求量很高，施用硫肥可使油菜增产，油菜籽的含油量提高，葱属作物施用硫肥还能提高其风味。如在作物生长过程中发现缺硫，可以用硫酸铵等速效性硫肥作追肥或喷施。
蔬菜上最为常见的缺素现象是缺钙和缺硼。
钙素的问题一般表现在蔬菜品质上，如番茄、辣椒等果菜类蔬菜的脐腐病，白菜、生菜等十字花科蔬菜的干烧心，芹菜黑心病以及胡萝卜表面的空穴。科学研究表明，解决蔬菜的缺钙问题，可通过增加空气流通，如人工展开叶片，调节温湿度来提高蒸腾速率，最有效的方法是通过叶面喷施的方式补充钙肥。可在开花时对花序上下充分喷施2～3遍，对于瓜果类蔬菜最好在盛果期直接向果实表面喷施。钙肥最好选用糖醇螯合的钙肥，如甘露糖醇钙，这种钙肥可彻底解决钙在植株体内移动很慢的问题。
硼是当今世界农业生产上普遍缺乏而又应用最广的微量元素之一。蔬菜缺硼的主要原因，一是大部分作物对硼的需求量较高，如油菜、芹菜、甜菜、菠菜、萝卜等作物对硼高度敏感，另外一个原因是硼与硝酸盐一样易淋洗，而蔬菜栽培中尤其是设施栽培灌溉量过大，土壤可溶性硼很容易被淋失。
解决蔬菜缺硼可土施硼肥，在作物播种或移栽整地前，每公顷基施含硼量较高的颗粒状五水硼酸钠3千克。也可采用叶面喷肥的方式补充硼素，它的特点是有效、经济、安全。由于硼在大部分蔬菜中的主要运输途径为木质部，则这类蔬菜应该在需硼量最高的时期喷施，最有效的喷施时期是：茄果类蔬菜在苗后期、初花期共喷2～3次；根茎类蔬菜在苗后期至块根生长期喷两次；甘蓝类蔬菜在苗后期、莲座期、结球初期共喷2～3次；叶菜类蔬菜在苗后期至生长旺期喷施2～3次。当田间发生缺硼症状时，应尽快喷施2或3次，每次间隔5～7天。叶喷推荐施用水溶性和含量均较高的八硼酸钠盐或八硼酸钾盐，喷施浓度为800～1000倍。作物苗期浓度可酌情降低，生长后期稍高，切忌超过施用浓度而造成硼中毒，导致叶片失绿变枯和花果脱落
