3月1号，崔永元的“小崔考察转基因”纪录片发布，时长约一个小时，详细记录了崔永元在美国考察转基因食品是否安全的过程。片中采访了多位美国科学家，他们的观点均是转基因食品对身体有害。据了解，崔永元在今年两会上的提案正是与转基因食品相关。和崔永元就此问题多次公开争论的方舟子于4号下午公开发表一篇文章，对崔永元的纪录片提出质疑，称纪录片中采访的美国专家多为“假专家”，且崔永元选择在两会期间发布，目的是为了自己的提案炒作。此外，搜狐娱乐了解到，方舟子状告崔永元一案原本在本月中旬进行交换证据环节，而崔永元一方在4号提出将交换证据延后至4月15号。
方舟子“打假”纪录片：专家是假的 翻译有问题
崔永元的纪录片中，采访了多位美国专家，通过他们研究的结果来证明转基因食品对人体有害。而这些科学家身份的真实性，成了方舟子主要质疑的部分。方舟子先是指出纪录片中出镜次数最多的“退休教授”南希斯万森（Nancy Swanson）的实际专业是光学，而非生物医学或生物技术：“崔永元只是含糊地说她是“科学家”、“退休教授”、“曾在美国海军做研究”，却不敢提她的专业背景。”
此外，方舟子还指出该纪录片中“洛杉矶习耕园和种子库创始人”大卫金（David King），实际上在2010年成立了洛杉矶种子库供洛杉矶居民交换种子，其实就是个中学园丁，却被崔永元莫名其妙地翻译成“洛杉矶习耕园和种子库创始人”，听上去很高大上。最后，方舟子表示：“神学家、园丁、另类医学医生、退休教授请问崔永元采访的上述“专家”，哪一个能代表“主流科学界”？哪一个是“世界级科学家”？哪一个上得了台面？”
除了对纪录片中专辑身份提出质疑，方舟子还指出片中的翻译也有很大问题：“崔永元采访了一个“妈妈纵横美国”的民间组织，让她们来控诉转基因食品的危害。这个组织的目的也是为了推销有机食品。这个组织名称应该翻译成“美国各地的妈妈”（Moms across America），崔永元却坚持让这些妈妈纵横美国，那么他要是看到“美国各地的人们”(people across America)，是不是要叫“人民纵横美国”？”
方舟子称推纪录片为炒作 崔永元：他不配上“两会”
方舟子还指出，“崔永元此前声称为了拍摄纪录片自费50多万，后来又称100多万，到底是多少？特地在两会期间推出纪录片，是为了自己在两会上的提案炒作吧。”
而崔永元作为政协委员目前正忙于两会，在日前的发布会上，有记者向其提问：“方舟子之前对你有很多言论，你怎么看？”崔永元给出的回答是：“我不会在两会上提他，他不配。”针对方舟子撰文逐一质疑“小崔考察转基因”纪录片，崔永元目前还没有作出回应。
崔永元提出延后交换证据 方舟子再质疑其公益基金
去年年底，方舟子状告崔永元名誉侵权，海淀法院宣布正式受理此案。原本于本月中旬将进行审前首次交换证据环节，而崔永元一方向法院提出要求延后至4月15号再进行交换证据。对此方舟子回应：“崔永元说他的传票一定比我的先到，我的都收到了，我怎么还没收到他的？他说手上有满满的证据，这回怎么又申请延期了？”
转基因的问题争论得未见结果，方舟子再次向崔永元“打假”，质疑起了其挂靠在中国红十字会下的崔永元公益基金：“敢问崔永元为什么七年不敢公开账目，乘两会在开，接下来我就正式举报他的公益基金违法。”
