一、蚜虫
芥菜生长期间，正是干旱季节且温度较高，蚜虫繁殖极快，所以防治上要注意做好以下几方面工作：（1）假植时用50%甲胺磷50克加水15公斤淋施秧苗。种植时用50%甲胺磷50克加水20公斤淋送嫁药一次；淋药时注意相邻不能有短期蔬菜，因为蔬菜类作物原则上不得使用甲胺磷。（2）以后如发现蚜虫，则用40%久效磷1200倍液防治，收获前20天内则选用25%广效灵或蚜虱净等特效较短的药物防治。（3）吊丝虫等螟蛾科幼虫，则加用bt乳剂1000倍液防治，其效果好、成本低、无毒。（4）畦边勿种萝卜，很多农户有在畦边种萝卜的习惯，从而诱发蚜虫，不得偿失。
二、软腐病
本病一旦发生便发出奇臭气味。诱发大量苍蝇生病、健株间来回飞，故传播速度快。
防治方法如下：（1）假植时，每百株植地用石灰1.5公斤混匀土壤消毒，种植时每穴施小半汤匙石灰：多菌灵=3：1混合物，与土壤混匀。（2）隔12天左右喷一次农用链霉素2000倍液，或隔8天用400倍农抗菌素120液淋施一次。（3）避免连作
三、根肿病
发病初期，中午植株萎蔫，早晨和下午植株生产正常，随后逐步死亡。其主、侧根有肿块如瘤状，根群水渍状，没有白根或白根很少，个别有异味。该病主要是由于生理缺水造成的，要拔除补种，并施石灰，以免诱发其它病害，同时注意掌握苗床湿度，既能满足新陈代谢的要求，又避免过湿。
四、枯萎病
俗称“患黄橙”，由于其症状表现叶片迅速干枯，呈橙黄色，故农户称之“患黄橙”。
此病严重时如遇强烈北风，则全田植株叶片干枯，全被风刮走，属毁灭性病重。目前对该病尚未有特效药物防治，一般用70%甲基托布津800倍液加叶面宝或赛特宝400倍液隔10～15天喷一次，同时加强栽培管理。
