由于玉米种子胚部较大，胚部含有大量的脂肪及较多的可溶性糖类，极易引起霉变而失去生命力。为了保证种子有较高的发芽势、发芽率和旺盛的生命力，种子贮存需要有一定的技术和安全措施。
一、玉米种子保存方法有果穗贮藏和粒藏两种
果穗贮藏是将果穗悬挂在通风处风干。由于果穗穗轴疏松，在干燥环境里，穗轴水分蒸发，并吸收种子水分而使种子水分降低;在潮湿环境里，穗轴吸湿性较大，可降低种子吸湿速率。因此用此法贮藏玉米种子，对保证种子发芽率有较好的效果，但占用仓库大，不经济。
而脱粒贮藏占用仓库少，且便于包装和运输。但种子含水量不要超过13%，贮藏的温度不超过30℃较安全。如发现贮藏种子温度和水分增高，应采取散热和降低水分等措施。
二、可用染色法鉴定种子的生活力
在染色前将待鉴定的种子在30℃水中浸约20小时，然后沿胚部纵切成两半，取其中半粒，用水冲洗一下，再浸入1：500倍或 1：1000倍的染色剂靛红水溶液中，染色15分钟左右。取出种子冲洗后观察，凡种胚已着色表明失去生活力；完全不着色，表明生命力强；种胚染成斑点状，说明种子生命力弱。
也可以用市售的红墨水代替靛红染色剂鉴定种子生活力。取新买回的红墨水用自来水稀释20倍，作染色剂。染色前种子处理、染色方法和染色后观察等均同靛红染色剂染色，凡胚不着色或略带浅红色者，为有生活力的种子；若种胚染成与胚乳相同的深红色者，为无生活力的种子。
