棉花苗期病害主要有立枯病、炭疽病、红腐病、猝倒病、黑斑病、茎枯病、早期枯萎病等，再加上由于播种过早、低温多雨、农田作业差等原因，容易导致苗期病害发生严重，造成缺苗断垄、生长缓慢、推迟生育进程，影响产量，为此，应抓好综合防治措施。
一、选用抗病品种。选用抗病品种是防止病害的根本措施，品种选择很重要，要选择经过试验表明抗病力强的品种。
二、 改良土壤，培肥地力。通过增施农家肥料、大力推广秸秆还田、精耕细作等农业措施，培肥地力，改良土壤，增加土壤通透力，可以有效控制苗期病害的发生。
三、适期晚播。如今年气温偏低时间长，播种期应比常年推迟5—10天。适期晚播不仅可防治苗期病害，同时可预防棉花早衰和烂铃。
四、增温保墒。加强以中耕松土为重点的棉花出苗前后的田间管理，如雨后锄划、地膜棉及时放苗压土、堵漏洞防风掀膜。病害严重地块采用早间苗晚定苗，以确保苗全苗壮。
五、交替使用除草剂。连续使用氟乐灵除草的棉田应更换其它除草剂，以防止发生药害，加重苗病的发生。棉田除草剂的有效成分用量应控制在：氟乐灵每亩60～72毫升，地膜棉每亩50毫升，播前使用并混土；乙草胺每亩控制在45～55毫升，播后苗前使用，地膜棉易发生药害，不提倡使用；二甲戊灵每亩66～100毫升，对棉苗比较安全，播前或播后苗前使用，因其对双子叶杂草杀伤力较差，宜与其它除草剂混用；杜尔每亩72毫升，播后苗前使用，土壤干旱时需浅混土。以上农药对水量应掌握在每亩50公斤左右。
六、药剂防治。棉花苗期病害死苗有两个高峰期。一是出苗后半月左右，棉苗长出1片真叶时；二是棉苗三叶期，主要病害为早期枯萎病，一般发生在出苗后25—30天为严重发病期。因此，在加强田间管理的同时，应在发病前进行迎头防治。其有效防治药剂有：85%三氯异氰尿酸可湿性粉剂，苗期对水喷洒，亩用量35克；金阿普隆、适乐时种衣剂1000倍液，发病初期喷雾；多菌灵、代森锰锌、甲基托布津等500～800倍液，发病初期喷洒；新克黄枯、黄腐酸盐类，在早期枯萎病发病初期喷洒，效果较好。
