甘薯的块根是无性营养体，没有明显的成熟标准和收获期，但是收获的早晚，对块根的产量、留种、贮藏、加工利用等都有密切关系。适宜的收获期一般在 15℃ 左右，块根停止膨大，在地温降到12℃以前收获完毕，晾晒贮藏。入窖前要先将薯块进行药剂处理，可用50%多菌灵300倍药液或70%甲基托布津500倍药液进行浸种药剂处理，这样能杀死薯块表面及浅层伤口内的病菌，起到防病保鲜作用。
入窖后保持适宜温度，薯块在贮藏期间的适宜温度为10℃～14℃，低于9℃则易受冷害，高于15℃则呼吸作用旺盛，致使薯块减重、发芽。根据薯块的特点和天气变化，对薯窖的管理分为三个阶段：
1、前期。薯块入窖初期以通风、降温、散湿为主。因为刚入窖时外界气温高，薯块呼吸强度大，放出大量的水汽、二氧化碳和热量致使窖内温度高、湿度大。这就给薯块发芽、感染病害创造了好条件，尤其是带病的薯块由于病菌浸染蔓延，造成薯块大量腐烂，俗称“烧窖”。如果温度适宜，薯块只会发芽不会腐烂。薯块入窖30天内(尤其20天内)要经常注意窖内温、湿度的变化，加以调剂。入窖5～7天前为了促使伤口愈合，窖温保持在15℃～18℃，注意不要使窖温上升到20℃以上，入窖5～7天后窖温应控制在不超过15℃，最好是12℃～14℃，相对湿度保持在85%～90%。
2、中期。指薯块入窖后30天至来年立春前后，以保温防寒为主。这个阶段气温低，薯块呼吸强度弱，放热量小，是薯块最容易受冷害的时期。注意当窖温下降到12℃～13℃时，即开始保温。如封土、封闭门窗与通气口，在薯堆上盖干草(兼防冷凝水浸湿薯块，以防受湿害)，如严冬窖温降低到9℃～10℃，视窖温应适当加热。
3、后期。指立春至出窖前。此期气温逐渐回升，但天气变化无常，时有寒流，由于薯块长期贮藏，呼吸作用微弱，抵抗力大大削弱，经不起窖温过大的变化，受不了低温的侵袭。所以应随时注意天气变化，及时调整门窗与通气口，要保持窖内温度在12℃～14℃，相对湿度不低于85%～90%。
