1、选择抗病品种适时播种。选择抗病品种如甘蓝型油菜华油8号、铁杆青等，并于9月底和10月初播种，发病较轻。
2、实行轮作。由于休眠孢子囊的抗逆性很强，因此发病严重的油菜田，要实行4-5年的轮作，在规定轮作的年限内不种油菜和十字花科蔬菜，可改种麦类和绿肥。
3、育苗移栽。选择无病地块培育壮苗，五叶期以后移栽是防治根肿病较理想的措施。
4、栽培管理。注意开沟排水，避免田水浸灌。应选择晴天定植，生产实践证明：定植后有1-2周的晴天，就能大大减轻发病；如定植时下雨或植后不久下雨，淋施2%石灰水，可减轻发病，注意收集病株，及时加石灰覆盖深埋，促使菜根腐烂和病菌死亡。如用带菌菜根制作堆肥时，必须充分腐熟后方可施入大田。注意氮、磷、钾配合使用，勿偏施，过施氮肥。
5、化学防治。药剂防治的关键时期是油菜三叶期，用敌克松500倍液、TH88300倍液、菌毒清200倍液、复方多菌灵600倍液，隔10天灌根1次，连续防治2-4次，防效可达60%以上。播种期每亩用石灰50-75千克或碳酸钠25-35千克穴施，防病效果可达60%左右。用草木灰穴施也有一定防效。
