一是棚内温度过高。樱桃番茄果实着色的过程是叶绿素分解和茄红素、类胡萝卜素形成的过程。当棚内温度过高或过低时，都会抑制茄红素的形成。一般来说，当棚内温度高于30℃时，就会影响茄红素的形成。
二是光照过强。拱棚内，只要是果实被叶片遮住的部分或背阴部分，樱桃番茄普遍着色较好，而完全暴露在阳光下的或向阳面的果实颜色发黄。这样的现象解释了光照过强同样会抑制茄红素的形成，导致果实着色不良。对此，建议菜农，在晴天应注意遮阳网的使用，并尽量加大放风口。另外摘叶不可过度，可用叶片遮挡果实，避免光照过强造成着色不良。
三是氮肥使用过多、钾肥使用不足。在温度较高，菜农在施肥时往往注重氮肥的施用，相应地忽视了钾肥的施用，同样会造成樱桃番茄着色不均。氮素过多，樱桃番茄容易出现绿肩现象；而钾肥不足时容易出现黄绿色果肩。因此在膨果期应注意增施钾肥，同时应减少氮肥的用量。
