有机肥是种植农作物的必须条件，是很重要的，种植莲藕也不例外。
施足基肥能供给莲藕整个生长期所需的养分，并具有改良土壤、培肥地力的作用，藕田基肥用量应根据土壤肥瘦而定。栽植莲藕大多选择土质肥沃、有机质丰富、排灌方便的田块，结合整地一般每亩施入腐熟的农家肥2500～3000公斤、通用型复合肥60～80公斤，并施入钙、硼、锌等肥料，然后深耕20～30厘米，耕细耙平，放入3～5厘米浅水待用。
莲藕整个生长期需追肥2～3次。第一次在植株有1～2片立叶时(定植后25～30天)施入，每亩施尿素15公斤或腐熟农家肥1500～2000公斤、硫酸钾7.5～10公斤；第二次在有5～6片立叶(定植后40～50天)时，每亩施高氮、钾复合肥20～25公斤；第三次在终止叶出现时施入，此时开始结藕，每亩施高钾型复合肥15～20公斤，或施入腐熟的人畜粪肥2000公斤左右。施肥时要选择晴朗无风的天气，在清晨或傍晚进行，每次施肥前放浅水，让肥料溶入水中，施肥后两天再灌水至原来的深度，追肥后泼浇清水冲洗荷叶。对深水藕田，最好做成肥泥团追施，以防肥料漂浮。施肥时注意不要踩伤莲鞭，以免影响结藕。
