一、苗病：
棉花苗病主要以立枯、炭疽、猝倒病为主，苗期低温、多雨、重茬、播种过早等因素是棉花苗病多发的重要原因。病害初发时，用多菌灵、代森锌或棉枯净喷雾防治，间隔5-7天，连喷2-3次。
二、棉蚜:
苗蚜的防治一般在5月中下旬至6月上中旬，伏蚜的防治一般在7月中下旬至8月下旬。选用烯啶虫胺、氯噻啉、灭蚜酮、丁硫克百威、毒死蜱等药剂交替、轮换、混合用药，避免长期单一使用吡虫啉、啶虫脒而使蚜虫抗性增强。为增加药剂的持效性，可加入适量渗透剂或无磷洗衣粉等助剂，也可加入乙酰甲胺磷、氧乐果等内吸杀虫剂，以延长药效。
三、红蜘蛛
5月上旬开始在棉花田点片出现，此时气温较低繁殖速度慢， 进入6月中下旬后，随着温度升高，在干旱棉田繁殖速度快。防治上采用阿维菌素、哒螨灵喷雾防治。
四、棉盲蝽
棉盲蝽主要刺吸棉株的顶芽、嫩叶、花蕾或幼铃，棉田湿度大，利于发生。针对棉盲蝽在早晨和傍晚出来危害和具迁飞性的习性，防治时间选在上午8时前和下午6时后，防治药剂选用甲氨基阿维菌素、马拉硫磷等，施药方式采用由外围向内喷雾的防治方法。
五、棉花枯、黄萎病
棉花枯、黄萎病都属于土传病害，同时，还可以通过带菌棉籽、病株残体、灌水、农具等扩散传播。棉花枯萎病在整个棉花生育期均可发病，高发期一般在棉花现蕾前后，即6月中下旬；棉花黄萎病一般在现蕾后才开始发生，高发期一般在棉花花铃期，即7月下旬至8月上旬。
防治棉花枯黄萎病选用含有络氨铜、乙蒜素、三氯异氰脲酸或过氧水等成份的杀菌剂，间隔7-10天，连喷2-3遍。若遇有降雨偏多或持续阴雨年份，可适当增加喷药次数。“三灌根”即对部分显症病株在叶面喷雾的基础上，再进行灌根防治，可有效的控制枯黄萎病的蔓延。
六、棉花烂铃
棉花烂铃是由多种病菌侵染为害棉铃引起的，主要有疫病、炭疽病、角斑病、红腐病、红粉病、黑果病等， 8月下旬降雨天数和雨量是影响棉花烂铃的关键因素。药剂防治是综合防治棉花烂铃的重要措施，在烂铃发生初期，选用多菌灵、甲霜灵•锰锌、百菌清等对准棉株中下部的青铃均匀喷雾，间隔5～7天，连喷2～3次。
