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电脑育种,速度如飞

农民日报 》( 2016年04月18日   06 版)

软件工程师
  
    育种家
 

    编者按:从前,育种家站在育种田里,在Excel表格上密密麻麻地记录着育种材料的株高、玉米棒子长度、抗性等等相关数据。

    而今天乃至未来,品种研发过程中多了一个好帮手——AGROBASE软件,将让育种过程实现全程信息化。

    绘图:吴狄

让育种家告别重复劳动

    本报记者李飞

    顶着大太阳,拿着小本子,站在田间记录下试验数据,再把这些数据一个一个敲进电脑里,繁复地分析之后,再将数据保存起来——这是育种人最熟悉的画面和工作流程了。

    但是未来,一个新的画面很有可能是育种家手持一个平板电脑,里面下载好了完整的试验设计方案,只要将采集到的数据录入进去,手指一点,几秒钟时间即可得到更科学的分析结果。这个画面所依据的核心,正是育种信息化软件——用电脑帮助人脑,将育种家从繁复的劳动中解放出来,从而大大提高育种效率。

    提速,释放育种家的精力

    姚丙晨现就职于中玉金标记(北京)生物技术股份有限公司,向记者介绍起一款从国外引进的育种信息化软件时,他会习惯性地拿传统的育种过程来做对比:“我以前做过水稻育种,拿记录本在田间记数据,经常有本子掉进水田里的事,试验数据很容易就丢失了。”

    现在,育种家手里的记录本可以换成“三防”平板电脑了:防水、防尘、防摔,而且强光下仍然能清楚地看到平板电脑上的每一个字。“我们管这台电脑叫田间采集器,把实验设计下载到上面之后,带着它到地里,根据需要记录数据就可以了。”姚丙晨介绍说,为了解放育种家的双手,平板电脑上还会贴心地设计一根吊绳,可以挂在脖子上。

    能帮助育种家的电脑,显然不仅仅是防水防尘这么简单。“试验设计和数据分析实际上是AGROBASE系统在做。”姚丙晨所说的这个系统,已有26年的历史,是一款用户遍布于全球40多个国家的育种管理软件,其功能涵盖了品种研发过程中所需的测试、育种、高级统计分析、品种比较、图片管理、种子库管理和田间调查等所有内容。在我国,中国种子集团最先引入并使用。

    近几年,品种审定绿色通道开通,自主选育的品种能否通过“区试”大考,是每个种企都在关心的事。“我们自己试验觉得很好,但是在区试中就是通不过去。”不少种企向记者反映过类似问题。


    “出现这样的问题,一般来说,或者因为试验设计本身的科学性不够,或者因为数据分析的准确性不高。”姚丙晨说,像AGROBASE这款育种管理软件就可以从根本上解决类似问题:不仅可以根据育种家的需要快速设计试验,而且提高了科学性,可以把试验中的环境因素剔除;同时,由于试验设计方法和分析方法一般是配套的,因此在分析中,只需要育种家“傻瓜式”地一点,就能选择对应的分析方法,快速完成数据分析了,这样育种家的精力可以放在更有价值的事情上来。

    汉化,尊重育种家的习惯

    “我们把育种管理软件汉化、本地化,介绍给育种单位,是希望帮助他们提高育种速度,让育种‘飞起来’。”中玉金标记开放日上,大田测试总监郭仁俊向前来的种企介绍AGROBASE时说。

    除了试验设计更科学,数据分析更高效外,育种管理软件还有什么本事,能让育种“飞起来”呢?

    “比如,每到春天,育种家都要在材料库里翻来覆去找种子,那些保存得不合理的育种材料,很难找到。”姚丙晨说,而使用育种管理软件保存育种材料,如同图书馆里给每本书一个编号,按照编号来找就容易得多了。

    “找到材料”对育种管理软件来说,还只是小试牛刀,“找到合适的材

 

料”是它的又一个大本事。“比如我们想要育出某一个性状的品种,可以借助软件迅速找到最可能育出这个品种的亲本。”姚丙晨说,这就像是我们想要一个身高比较高的孩子,有了电脑里的大量数据做支持,不用通过改变基因,只要找到身高比较高的父母就很有可能实现了。

    那么,育种管理软件这个“外来的和尚”,能念好中国的育种经吗?

    “咱们的很多老育种家,都有自己的育种习惯。比如,习惯于与两边的对照组进行比较来观察试验组,但育种管理软件默认的是移动均值法。”姚丙晨介绍说,移动均值法可以把试验中的环境干扰因素剔除,比如因土壤不同造成的对试验结果的干扰。“为了尊重育种家的习惯,我们4月12日将这条建议反馈回去,只需要两周时间,软件就能完成升级。”姚丙晨说。

    事实上,对种企而言,使用育种管理软件的需求同样强烈,比如解决种企一般会面临的“人走线断”问题——材料在育种家手里,不能实现共享,育种家离开企业后,育种进程只能终止。

    国外的大型种企使用育种管理软件已经十分普遍了,很多全球企业还研发了专用的系统。“我们也希望民族种企可以尽快地用上,加速品种的选育过程,给农民培育更多更好的种子。”郭仁俊说。



育种多了一种选择

    姚丙晨

    在试验田里,一个小本子,密密麻麻地记录着实验数据;回到实验室,将数据敲进Excel等电子表格类软件,对数据进行管理和分析。

    至今,多数育种家依然是这么做的,也的确育出了众多推广到大江南北的好品种。

    实际上,传统的育种数据管理和分析方法与AGROBASE软件,就好像中医和西医的关系,目的都是要把病治好,只是方法的差别。

    今天,我们就来说说这个“西医”,对于育种来说,不仅多了一种选择,或许还能有效帮助育种家加快育种进程。

    所有作物性状的命名是否是每个育种家对于作物的统一命名?如果系谱书写与命名不匹配麻烦就大了,每个育种家之间还要相互“猜测”。AGROBASE统一的数据标准,显然实用得多。

    在“检索”方面,AGROBASE的确能为育种家节省大量时间。我们都知道,审定杂交种,需要提供作物的生长发育情况、亲本分别是谁,以及种植地点和测试情况等等所有材料。要把大量数据从Excel等电子表格种调出来需要花费大量时间,但AGROBASE只需要简单几步就能完成。

    据了解,在中玉金标记的一个新用户公司,一位科研人员为了查找数据做杂交或自交组配,花费了2周时间从所有的Excel电子表格中获取他想要的数据,这个时间消耗让所有工作都慢下来。然而,对于AGROBASE,一个关联的数据库只需几秒钟就能帮助科研人员快速做出决策。

    同样,AGROBASE只需要几秒钟时间就能为育种家提供最佳的决策。通常,育种家都会选择例如“点对点”式分析,即新的杂交组合从种植实验的不同年份和地点调出后与对照杂交组合进行有效而直接的统计比较。关于将哪个杂交种投放市场这样的重大决策时需要做众多比较的。投放的杂交种是否为最好的那个、它是否能真正适应?这一系列问题对于AGROBASE来说,完成这种具有战略性的比较同样只需要几秒钟,而且能运算出下一年的杂交组合的选配情况。这是一个线性或者曲线回归,能清楚地展示出较好的杂交种表现情况。

 

链接

    AGROBASE数据安全

    自动数据备份

    数据加密传输

    集中权限管理

    AGROBASE云

    节约成本

    通过“云分享”的使用方式,降低每个用户的软件、硬件和管理成本。育种家用很低的投入就能用上国际一流的育种软件。

    提高效率

    利用强大的AGROBASE云服务,育种家可以加速育种信息采集、分析和决策过程,降低数据管理的难度,提高品种选择的准确性,早出品种、快出品种。

    安全放心

    数据云端安全存储,避免了本地设备损坏、遗失造成的数据不完整,保证育种工作的连续性,128位加密传输。

    专业支持

    通过远程演示、视频教学、集中培训、现场指导和在线支持等方式,专职团队帮助用户掌握软件功能,解决使用中的各种问题。

 
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