由于现行的土地流转政策缺少对流转价格的标准要求和政策保护，价格多为流转双方自行协商确定，遭受“价格陷阱”的人不在少数，极大地损害了农户的利益，也阻碍了农村土地流转的推行和发展。
据2016年《全国各省土地流转市场价格排名》显示，目前在江西、湖南、安徽、新疆、辽宁等地区，土地流转的平均价格在300~600元/亩/年不等，600~1000元/亩/年区间内的有重庆、浙江、山东、广东、河南等地，而北京、上海、海南、天津、陕西、山西等地则流转价格比较高，多在1000~3000元/亩/年区间内，且以上海的3240元/亩/年最高。
各地流转价格存在较大差值有多方面的原因：首先是市场因素，我国农村土地流转市场尚未形成规范的价格体系，第三方土地估价平台还有待发展完善，这就使流转价格难以实现专业性、公平性；其次是区位因素，一般情况下，区位条件和土地价格呈正相关；再者是流转方式和规模因素，我国目前多以转租和转包的形式进行土地流转，通常流转规模越大、流转后项目经济效益前景越好，流转价格越高；最后是交通条件、水源条件、耕地质量等自然条件因素。
为避免更多农户遭遇土地流转“价格陷阱”问题，近年来如江苏南京、浙江台州、江西南昌等地开始尝试由政府出台方案指导土地流转价格。如南京市政府不仅对流转最低价做了限定，还规定原则上流转期限超过3年的，须确定土地经营权流转价格递增幅度。
政府指导价既能保护被流转者的合法权益，又能规范流转市场，形成良性竞争格局。但目前出台政府指导价格的地区仍是少数，就全国范围而言，在土地流转中，判定一亩地租金到底多少合理，还欠缺专业性市场数据和估价系统的支持，在这种情况下，要出台操作性强的具体方案，还存在一定难度。
因此，要完善土地流转价格机制，除了政府的作用之外，还必须发挥好市场的作用。如建立市场化的流转信息平台，将土地流转中的交易情况、交易价格、交易主体等信息公开透明化；并鼓励第三方土地中介机构的发展，按照分类指导、科学测算、现实比较和幅度递增相结合的要求，指导流转双方采取协商定价、投标定价、竞拍定价等形式，合理确定农村土地流转价格，加强交易的公平性。
目前，国内最大的互联网土地流转综合服务平台土流网正在探索开发并逐渐完善农地自动估价系统，利用互联网大数据的力量，为完善土地流转价格机制提供更科学可靠的依据。
