番茄常见生理障害有脐腐病、筋腐病、空洞果、裂果、畸形果、日烧果、生理性卷叶等。
脐腐病
原因：目前尚未明确，多数人认为是果实缺钙所致。
防治措施：土壤中应施入消石灰或过磷酸钙作基肥；追肥时要避免一次性施用氮肥过多而影响钙的吸收；定植后勤中耕，促进根系对钙的吸收；及时疏花疏果，减轻果实间对钙的争夺；坐果后30d内，可叶面喷施1%的过磷酸钙或0.1%氯化钙。
筋腐病
原因：普遍认为番茄植株体内碳水化合物不足和碳/氮比值下降，引起代谢失调，致使维管束木质化，是导致褐变型筋腐果的直接原因。而白变型筋腐果主要是由于烟草花叶病毒（TMV）侵染所致。
防治措施：生产中可通过选用抗病品种，改善环境条件，提高管理水平，实行配方施肥等方法来防止筋腐病的发生。
空洞果
原因：空洞果的形成是由于花期授粉受精不良或果实发育期养分不足造成的。
防治措施：生产中选择心室数多的品种，不易产生空洞果；同时生长期间加强肥水管理，使植株营养生长和生殖生长平衡发展；正确使用生长调节剂进行保花保果处理。
裂果
原因：主要是高温、强光、土壤干旱等因素，使果实生长缓慢，如突然灌大水，果肉细胞还可以吸水膨大，而果皮细胞因老化已失去与果肉同步膨大的能力而开裂。
防治措施：除选择不易开裂的品种外，管理上应注意均匀供水，避免水分忽干忽湿，特别应防止久旱后过湿。植株调整时，把花序安排在架内侧，靠自身叶片遮光，避免阳光直射果面而造成果皮老化。
畸形果
原因：番茄畸形果多是由于环境条件不适宜而致。使用生长调节剂蘸花时，浓度过高易形成尖顶果。
防治措施：苗期加强温光水肥管理，特别是在花芽分化期，要防止温度过高或过低；开花结果期合理施肥，使花器得到正常生长发育所需营养物质，防止分化出多心皮及形成带状扁形花而发育成畸形果。使用生长调节剂保花保果时，要严格掌握浓度和处理时期。
日烧果
原因：果实受阳光直射部分果皮温度过高而灼伤。番茄定植过稀、整枝打杈过重、摘叶过多，是造成日烧果的重要原因。天气干旱、土壤缺水或雨后暴晴，都易加重日烧果。
防治措施：合理密植，适时适度地整枝、打杈，果实上方应留有叶片遮光，搭架时，尽量将果穗安排在番茄架的内侧，使果实不受阳光直射。
生理性卷叶
原因：植株在干旱缺水条件下，为减少蒸腾面积而引发的一种生理性保护作用。另外，过度整枝也可引起下部叶片大量卷叶。
防治措施：生产中应均匀灌水，避免土壤过干过湿，设施栽培中要及时放风，避免温度过高。生理性缺水所致卷叶发生后，及时降温、灌水，短时间就会缓解。同时，注意适时、适度整枝打杈。
