1.采用无病种子。无病田繁种，从健康植株的健康果实上采种。从苗期开始发现病株应立即带土摘除，移至田外烧毁。
2.选用抗病品种。试验证明品种间感病程度差异较大，在发病较重的地区应换掉原来的感病品种，改种抗病品种，如三倍体较二倍体抗病.皮色深绿的比浅的抗病。新红宝品种感病程度较高。
3.种子处理。方法是采种后种子与果汁、果肉一起发酵24～48小时，然后将种子放入1%的盐酸中浸泡5分钟（或用1%的次氯酸钙浸泡15分钟）后，立即用清水洗净、风干。此法能杀死种子上的病菌。在播种前，用1%盐酸浸种20分钟后，再用清水冲洗20分钟，然后风干、播种。
4.轮作倒茬。是防治许多病虫害简单而有效的措施，轮作年限越长防效越好。
5.加强管理。实行秋季深翻地，将病残体、野生寄主及病菌等翻入土壤深处或破坏其生存环境，以降低菌源数量，减少侵染机会。设置通气道，种植有网纹的厚皮甜瓜，定植前，在定植穴行的正下方挖一条宽30厘米、深40厘米的沟，沟底铺15～20厘米厚的稻草，覆土，增加根部透气性，提高植株抗病能力。整地时清除田间病株、病果、杂草及野生寄主植物体，尤其是葫芦科杂草。消毒农具，杀灭病菌。采用滴灌或软管等管式灌溉，避免喷灌、顶灌等方式，以减少病菌传播。
6.药剂防治。田间出现病害，可用抗生素进行喷雾防治。抗生素可选用农用链霉素、四环素等药剂，在发病初期喷洒，根据天气及发病情况每7～10天喷1次药。
