沼气产生的沼渣、沼液是大棚蔬菜的优质肥料，它既具有化学肥料的速效性，又具有农家肥营养全面肥效长的特点，据测定沼肥含30%～50%的有机质，10%～25%腐植酸，0.8～1.5的氮素，0.4～0.6的磷素，0.6～1.2的钾素。是一种增施效果很好又无环境污染的好肥料。
沼液可做叶面喷施、顺水浇施，沼渣可做基肥或开沟追肥。菜苗移栽时，每平方米将腐熟的沼渣3公斤施入定植穴中，沼渣与穴内底土充分混匀后再定植菜苗。播种和大面积种植蔬菜每亩施2500—3000公斤，可多施沼渣，同时适当添加草木灰和过磷酸钙，基肥上要覆盖6—7厘米厚的土层。追肥一般是指采用叶面喷施或灌根的办法。叶面喷施宜使用氧气处理1天并过滤沉淀后的沼液，掌握好浓度，避免浓度过大造成灼伤。蔬菜幼苗期喷施沼液时，应稀释1—1.5倍，每亩蔬菜用沼液45—55公斤。一般在上午露水干后喷施。夏季宜在傍晚喷施，中午和下雨不宜施用，叶菜类蔬菜喷施沼渣还可以结合防病虫进行。瓜菜类蔬菜可在花蕾期或果实膨大期施用，其用量可适当加大，喷施时可同时在沼液中加入1%—2%的渗透剂效果更佳。蔬菜上市前1周勿喷施沼肥。灌根的施用量应视蔬菜的品种而异，一般每亩菜田沼液用量以500—2500公斤为宜。沼渣、沼液经过严格的厌氧发酵后，有害的病菌和虫卵杀灭率达95%以上。温室内蔬菜施用沼肥可大大降低病虫害发病率。黄瓜、西红柿等蔬菜喷施沼液后，植株生长迅速，叶片浓绿，具有明显的抑制病虫害发生的能力，减少了化肥和有毒农药的使用，提高了蔬菜的产量和质量，促进绿色食品生产的发展。
温室内施用沼肥后，土壤理化性状得到改善，经常使用土地疏松、保肥保水能力增强，土壤有肥力提高，据测定长期使用沼肥土壤有机质较对照年增加0.04%，防止了因大量使用化肥造成土壤板结的不良影响。
