由于一些农民对化肥、农药的性能不甚了解，把用剩的化肥和农药存放在一起，孰不知两者混存会产生不良的效果。
1、容易使农药分解失效。农药大多数呈中性或酸性，遇碱会发生化学反应，例如碳酸氢铵为碱性肥料，这种肥料在贮存时易挥发出氨气，再与潮湿的空气结合形成碱性物质，致使农药分解失效或破坏理化性状，造成结团结块，降低农药药效。
2、容易引起爆炸或燃烧事故。比如硝酸铵在日光曝晒、撞击或高温下会发生自然爆炸；一旦遇到易燃农药也会发生燃烧现象。如果化肥和农药堆放量多时，效果将更严重。
3、腐蚀农药包装，会给农药使用带来不必要的麻烦。如过磷酸钙等酸性肥料在储存时，会挥发出游离酸，使仓库内潮湿的空气呈酸性，多数农药包装在酸性环境下易被腐蚀而损坏。因有些化肥和农药品种的外形很相似，在使用时很容易拿错而引起人畜中毒事故的发生。 另外，化肥不能与种子堆放在一起，也不要用化肥袋装种子，以免影响种子发芽。
