秀珍菇发菌期间，常见的杂菌有绿霉、青霉、毛霉、红色链孢霉等，检查发现后应该及时检出处理。杂菌的防治主要靠保证接种实行无菌操作，培养室必须通风良好、空气新鲜，周边环境干净整洁，另外也可在培养料中添加5%的多菌灵粉剂1000倍，起到防护作用。
子实体生长阶段还可能引发虫害，危害严重的有菇蚊、菇蝇，发生严重时可用50%的高效氯氰菊脂稀释1000倍进行防治，喷药时间应选择在转潮期，避免子实体产生药害。在喷洒过程中，必须将菌袋的正反面及棚、室角落和外围同时喷洒，最好在晴天的下午1―3时进行，施药后2―3天内不喷水，以延长药效。
