北京市农林科学院建有4个国家级检测机构，1个国际ISTA检测资质认定的检测机构。
农业部蔬菜种子质量监督检验测试中心：我国第一个具有国际种子检验资质的实验室，2013年3月获得ISTA(国际种子检验协会)执行委员会的确认和授权，可以授权出具种子质量进出口国际检验证书，检验数据国际对等互认。使我国拥有与国际一流的种子质检机构同等的话语权，有利于消除种子进出口质量检验的技术壁垒，帮助我国种企提升种子质量检测能力，提高我国种业的国际竞争力。
农业部果品及苗木质量监督检验测试中心（北京）：农业部授权的、经过国家计量认证的、具有第三方公正地位的产品质量监督检验测试机构。2005年9月经农业部农产品质量安全中心批准，成为农业部无公害农产品定点检测机构。授权检测范围为果品及苗木15类产品，承检参数包括感官检测、含水率、可溶性固形物、总酸、固酸比、还原糖等45项。
北京玉米种子检测中心：是依托自主创新的玉米标准DNA指纹库构建及其关键技术为核心的玉米种子真实性检测质检机构，2011年通过农业部考核认证，成为首个具有农业部玉米品种真实性检测资质的专业机构，构建了已有26000多个品种全球数量最大的玉米标准DNA指纹库，制定了《植物品种鉴定 DNA指纹方法 总则》《玉米品种鉴定技术规程 SSR标记法》等5项检测标准。
北京小麦种子检测中心：2015年3月获得了中华人民共和国农作物种子质量检验机构资质，是农业部指定的小麦品种DNA指纹检测单位。率先系统研究和创立了小麦DNA指纹检测技术体系，使我国成为世界上第一个全面应用DNA指纹检测小麦品种及种质资源的国家。制定了农业部行业标准《主要农作物品种真实性SSR分子标记检测 普通小麦》，构建了我国小麦品种DNA指纹数据库。
