在草菇生产过程中，常可见到成片的小菇萎蔫死亡的情况，给菇农带来严重的经济损失。草菇幼菇死亡的原因很多，主要有以下几个方面：
1.培养料偏酸。草菇喜欢碱性环境，pH值小于6时，虽可结菇，但难以长大，酸性环境更适合绿霉、黄霉等杂菌的生长，争夺营养引起草菇的死亡。因此，在培养料配制时，适当提高料内pH值。采完头潮菇可喷1%石灰水或5%草木灰水，以保持料内酸碱度pH值在8左右。
2.料温偏低或温度骤变。草菇生长对温度非常敏感，一般料温低于28℃时，草菇生长受到影响，甚至死亡。温度变化过大，气温急剧下降，会导致幼菇死亡，严重时大菇也会死亡。
3.用水不当。草菇对水温有一定的要求，一般要求水的温度与室温差不多。如在炎热的夏天喷20℃左右的深井水，会导致幼菇大量死亡。因此，喷水要在早晚进行，水温以30℃左右为好。根据草菇子实体生长发育的不同时期，正确掌握喷水方法。若子实体过小，喷水过重会导致幼菇死亡。在子实体针头期和小纽扣期，料面必须停止喷水。如料面较干，也只能在栽培室的过道里喷雾，地面倒水，以增加空气的相对湿度。
4.采菇损伤。草菇菌丝比较稀疏，极易损伤，若采摘时动作过大，会触动周围的培养料，造成菌丝断裂，周围幼菇菌丝断裂而使水分、营养供应不上。因此，采菇时动作要尽可能地轻。采摘草菇时，一只手按住草菇的生长基部，保护好其他幼菇，另一只手将成熟菇拧转摘起。如有密集簇生菇，则可一起摘下，以免由于个别菇的撞动造成多数未成熟菇死亡。
