盆栽花卉的营养土要求必须含有足够的养分，具有良好的物理性质，并且不宜有害微生物和其它有害物质的滋生和混入。花农通常采用干燥鸡粪或其它堆肥与园土配制花卉营养土，因所选用的有机肥没有腐熟或腐熟不充分，极易引致烧根、烧苗和病虫害发生。生物有机肥经过发酵腐熟，代替其它有机肥作花卉营养土，可以避免伤害花卉。
花卉种类不同，其适宜的营养土也不同，即使同一种花卉，不同的生长发育阶段，对营养土的质地和肥沃程度要求不同。虽然生物有机肥养分全面，但必须与其它土类配制，不能单独用来作花卉营养土。一般播种用的营养土配比为：生物有机肥2份、园土5份、河沙3份；定植用营养土为：生物有机肥3份、腐殖土3份、园土2份、河沙2份；木本花卉营养土：生物有机肥3份、腐殖土2份、园土4份、河沙1份。
盆栽花卉施肥可分为换盆基施和日常追施。盆栽花卉一般每隔1～2年就要换盆一次，盆土多要求疏松、肥沃，排水良好。在换盆时选用加有生物有机肥的营养土，为花卉生长提供充足的养分和生长空间。换盆后30天内不用施用任何肥料，确保花卉正常缓苗生长。缓苗后可每月施一次生物有机肥，肥料埋施或撒施后松土，使盆土与肥料混合均匀，细弱的花卉应避免肥料与根茎接触，然后浇透水。施肥量可根据植株长势及天气情况调整，如阴天叶薄而呈浅绿色，施肥量可适当大一些，天热叶厚又呈浓绿色，施肥量可小些。通常用量依花盆大小而增减，一般8寸盆每次施用生物有机肥约25克，也可以按生物有机肥与水1：10的比例稀释后浇施，或上清液叶面喷施。
