云南省农业科学院花卉研究所致力于构建现代花卉育种体系，通过科技创新，“十三五”以来新品种选育和保护数量居全国之首，提高云南主栽鲜切花育种效率45%，缩短育种周期30%至60%，自主知识产权新品种市场综合占有率约为15%。
种质是产业战略性资源，是花卉新品种选育的源头，是未来产业的核心竞争力所在。“十三五”以来，省农业科学院花卉研究所建立了月季、百合、康乃馨、菊花、满天星、观赏蕨、兰花、高山杜鹃、山茶、绣球等专类资源圃（库）12个，收集和保存了特色观赏园艺植物种质资源2190种、94536份。在种质资源收集保存的基础上，重点开展染色体倍性、花粉活力、基因水平亲缘关系、抗病性等种质基因及育性的背景研究，建立起月季白粉病、百合灰斑病、香石竹镰刀菌枯萎病、非洲菊疫病等抗性鉴定评价体系，发掘出具有优异花色、花香和花型的特色资源。该所率先开展高山杜鹃、满天星、非洲菊、百合等10个花卉物种的基因组研究计划并对外发表；针对46个功能基因开发出分子标记3260个，克隆基因32个；6个物种已构建目标基因编辑技术体系；通过有性杂交、基因剪辑和诱变等手段创制月季、百合、菊花等花卉优质种质400余份。通过种质创新，获得了一大批育种中间材料，为今后育种提供了丰富的种质基础。
同时，该所综合集成了系统选育、杂交选育、诱变育种、倍性育种、分子生物学辅助育种、基因编辑等技术，构建了观赏园艺植物高效育种技术体系。完成了满天星、泸定百合、非洲菊、马缨杜鹃等10余种云南特色花卉植物的基因组测序和组装；通过突破育种关键技术，将月季、百合、香石竹、马缨杜鹃等花卉的育种效率提高了45%，育种周期缩短30%至60%。截至目前，该所获授权花卉新品种447个，占云南省授权品种的62%，其中“十三五”期间获授权236个，包括申请国家级新品种102个，获国家授权新品种55个、国际登录5个，申请并获得云南省园艺植物新品种登记注册保护74个。所育品种中，月季“翡翠”成为昆明拍市拍卖价格较高的品种之一，非洲菊“拉丝”系列成为市场新宠，拍卖价格最高达2元/枝，亩产值超过15万元。
此外，该所不断优化花卉种苗高效繁育技术体系，辐射带动相关花卉企业优质种苗自给率从2000年的35%提高到现在的85%以上。实现非洲菊、满天星、洋桔梗、杜鹃、山茶等种苗繁育专业化、规模化、工厂化及优质化生产。通过先进组培环境、精准光配方调控生产的非洲菊、满天星等花卉优质种苗占全省的50%以上，生产成本平均降低20%以上，一级种苗达95%以上。通过应用花卉绿色环保生产标准及绿色高效无土栽培等先进技术及设施装备，切花玫瑰亩产值超过20万元，盆花亩产值超过100万元，单位面积效益比传统栽培方式提高了4倍以上，科技支撑和引领了云花产业高质量发展。
