芹菜的主要病害有斑枯病、叶斑病、软腐病、菌核病、根结线虫病、病毒病等。主要害虫有斑潜蝇、蚜虫、甜菜夜蛾、斜纹夜蛾、蓟马、粉虱等。针对不同栽培模式的保护地或露地芹菜，防治中应明确主要防控对象，有的放矢，提高防治效果。
一、健身栽培
轮作控害：避免与芹菜、香菜、胡萝卜等伞形科蔬菜重茬，通过与水稻、葱蒜、玉米、茄果类作物的轮作，有效控制斑枯病、根结线虫病等病害。
健康种苗：播种前进行种子处理；选用抗斑枯病、软腐病、菌核病的抗（耐）病品种。
清洁田园：采收后、生长期及时清理残株、败叶，并集中进行无害化处理，减少病虫源以及提高田间通透性。
二、土壤消毒
太阳能高温闷棚：利用夏季高温休闲期，土壤灌水后，施用半腐熟的作物秸秆或者腐熟的粪肥，跟土壤充分混合后覆膜，盖棚、密闭，保持棚内高温高湿状态、棚温升高至70℃以上持续10—15天。
药剂土壤消毒：根结线虫病等土传病害发病重的地块，在夏季高温季节，深翻地25厘米，每亩撒施500公斤切碎的稻草或麦秸，撒石灰氮40—80公斤后旋耕混匀、起垄，铺地膜后灌水，土壤湿度在60%以上，保持20天。
三、适时释放天敌
优先采用生物制剂防治蚜虫、粉虱、蓟马等害虫，压低虫源基数，施药7—10天后，棚内初见害虫时释放天敌昆虫，使用食蚜蝇防治蚜虫，丽蚜小蜂防治粉虱，智利小植绥螨防治害螨，小花蝽防治蓟马。释放天敌后做好虫害监测，及时采取必要的药剂防治。
四、科学理化诱控
设置防虫网：在棚室门口和通风口安装40—60目防虫网，兼顾防虫和降低棚内湿度。
昆虫信息素诱杀：每亩安装一组昆虫信息素诱捕器诱杀斜纹夜蛾、甜菜夜蛾等成虫。
灯光诱杀：在鳞翅目等害虫成虫盛发期，开展连片灯光诱杀。
色板诱杀：成虫从田外迁入棚内芹菜时，黄板诱杀有翅蚜、斑潜蝇，蓝板诱杀蓟马，可有效压低害虫基数。
五、合理用药
可采取苗期灌根和生长期喷施等方式进行施药。优先使用生物源农药，科学选择高效、低风险化学农药，注意轮换用药，严格执行安全间隔期。必要时，按照农业农村部《特色小宗作物农药残留风险控制技术指标》的要求，科学制定临时用药措施。
虫害防治：可选用吡虫啉、吡蚜酮、啶虫脒、噻虫嗪等药剂防治蚜虫；选用苦皮藤素等药剂防治甜菜夜蛾、斜纹夜蛾等害虫。
病害防治：可选用咪鲜胺、苯醚甲环唑等药剂防治斑枯病、叶斑病、菌核病等病害。
