认为转基因作物危害环境，其实只是一种猜测。他们认为农业是一种“天然”状态，而转基因作物是一种新的物种，新物种肯定会破坏原来的农业状态，或者打乱原来的生物链。
这种“猜测”存在误区，其实转基因作物只是增加了特定的性状，而且经过了环境安全评价，不会对生态环境造成负面影响。
最早引发人们对转基因环境安全性担心的，源于20世纪末发生于美国的“帝王蝶事件”。1999年5月，《自然》杂志发表一篇文章，称用拌有转基因抗虫玉米花粉的马利筋杂草叶片饲喂帝王蝶幼虫，会使幼虫生长缓慢，并且死亡率高达44％。美国环境保护局（EPA）组织昆虫专家展开专题研究，结果显示，转基因抗虫玉米花粉在田间对帝王蝶并无威胁，室内实验并不能反映田间的真实情况。
其实，转基因作物在本质上与普通作物并无差别，没有理由认为它对环境会有特殊危害。相反，种植转基因作物能减少农药的使用，实现免耕，反而能保护环境、减少水土流失，这是大家看到的实实在在的事实。
