2000年，《种子法》实施，中国正式迈进种子市场化阶段。
2002年起，郑单958崛起为一代里程碑式品种，推广速度之快，纵横时间久，贡献大。
2004年起，先玉335掀起高价值、单粒播种浪潮，改变了中国传统玉米种植技术，国产玉米种子标准也开始与国际接轨。
2008年起，为调动玉米种植的积极性，我国启动玉米临时收储制度，玉米产业“高价格、高库存、高补贴”问题凸显。
2011年，国务院8号文开启了改革时期，我国步入市场导向的商业化育种新进程，制种面积快速提升。
2015年起，为调整种植结构，缓解玉米库存压力，开始实施“粮改饲”政策，减少籽粒玉米种植。
2016年，取消玉米的临时收储政策，并出台了按照市场定价、价补分离的玉米生产者补贴政策；政策实施后，国内玉米市场价格大幅下跌；玉米种业逐渐进入寒冬。2016年，新《种子法》施行，绿色通道开启，玉米品种“井喷”，大品种市场空间变小。
2020年，临储玉米库存基本消耗殆尽，供需缺口的加大使进口压力明显增加，玉米价格开始上行，制种价格开始上涨，市场明显两极分化。2020年，转基因产业化进程提速，至今有13个转基因玉米产品获批农业转基因生物安全证书。
2022年1月，农业农村部对《农业转基因生物安全评价管理办法》《主要农作物品种审定办法》《农作物种子生产经营许可管理办法》《农业植物品种命名规定》四部规章的部分条款予以了修改。2022年6月，《国家级转基因玉米品种审定标准（试行）》发布。配套条例修改，相关政策落地，我国转基因产业化迎来重要节点。
2023年10月17日，农业农村部种业管理司发布国家农作物品种审定委员会初审通过的转基因玉米、大豆品种目录，其中转基因玉米品种37个、转基因大豆14个。这是继2022年6月出台《国家级转基因大豆、玉米审定标准（试行）》后首次转基因品种通过国家品种审定。
2023年12月25日，农业农村部发布公告，转基因玉米品种、大豆品种获得生产经营许可证，这意味着在2024年，转基因玉米和大豆终于可以商业化种植了。
