从事农业转基因生物研究与试验的单位是安全监管的第一责任人，需要建立与安全等级相适应的安全设施和措施，确保农业转基因生物研究与试验的安全，并成立农业转基因生物安全小组，负责本单位农业转基因生物研究与试验的安全工作。在田间试验开始前，需要将试验的时间、地点、品种、规模等信息形成详细的申报书向国务院农业行政主管部门提出申请，经农业转基因生物安全委员会进行安全评价合格的，由国务院农业行政主管部门批准后，按批准文件要求开展试验。
农业农村部制定了《转基因作物田间试验安全检查指南》，以加强转基因作物田间试验安全监管，规范检查方法和检查内容。各级农业行政主管部门根据指南对其属地内的转基因作物田间试验种植进行监督检查。内容包括：播种期主要检查试验材料、试验面积、安全控制措施及剩余材料处置等；开花期主要检查试验记录、隔离措施与试验面积等；收获期主要检查试验材料收获、保管、处置及植株残留物的灭活处理等；试验结束后主要检查自生植物的去除措施及残留情况等。
农业农村部每年制定转基因生物安全监管方案，明确监管重点和监管措施，指导各地农业行政主管部门开展安全监管执法工作。农业农村部成立转基因督查组赴重点地区，就转基因田间试验进行督导检查，开展转基因成分例行检测和抽检。对违规销售、种植转基因作物的现象，发现一起查处一起。
